Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatgcctgaaatacttttgttgtgaaatacttgataaagagcatatttcttgtcctgcttatgcataaagttctgataccttgttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTCAGAATCCAGAATTTATTCGCCAGTTGACGTCTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057158_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G057158_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g03920.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-----------gtatgatgcctgaaatacttt-tgttgtgaaatacttgataaagagcatatttcttgtcctgcttatgcataaagttctgataccttgttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTCAGAATCCAGAATTTATTCGCCAGTTGACGTCTC
             ||  | | || |||| ||  |||||||   | |||||||   |  |||     |||  |  ||||  |   |    ||    |||| |  |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||  |||| || ||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||
gttcgttgctctaatctttcatggaatagttgatgttgtgc--ttcttgatatgcatgatacacagtgttttaattatctaatga----tgtcgtcttgct--tgcagCTGCTTAATATCAACCCAAATGTACGTAATATGATGGAATCTAACACTCAGTTGAGGGAGATGTTCCAGAACCCAGAATTTGTTCGCCAGTTGACATCTC

upper sequence: GRMZM2G057158_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0210g00220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtatgatgcctgaaatacttttgttgtgaaatacttgataaagagcatatttct-tgtcctgcttatgcataaagttctgataccttgttgatg-cagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTCAGAATCCAGAATTTATTCGCCAGTTGACGTCTC
               |||  || || |    ||  || ||  || |||  ||   |||   | || ||  |    |||||| | ||   |  || ||| | |||  | | |||||  |  | |||| | |  | || |||||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||| || |
--------------gtaccatttttctttgttatctggtat-gatcatgcttgggtgtaaagtttctggtt----ttctgacatctctctattgtcagATACTTGGTCTCAATCCCCAGTTGCGTAGCGTTCTTGATTCCAATCCTCAACTAAGAGAAATGATGCAAAATCCAGAATTTCTTCGTCAGTTGACTTCAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26558010|gb|CA830245.1|CA830245
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|21828621|gb|BQ703305.1|BQ703305
EST:     AGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: AGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|87156460|gb|DY401249.1|DY401249
EST:     ATGATGCAGAACATTATGTCTATTCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATAAGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: ATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|113704257|gb|EE681761.1|EE681761
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|78180947|gb|DV551320.1|DV551320
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
EST: gi|8665519|gb|BE186335.1|BE186335
EST:     TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAG                         CTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA
genomic: TGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 36 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 212

TGGTGGCTCTGATGCTACCTTCTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTCAGAATCCAGAATTTATTCGCCAGTTGACGTCTC


Block sizes: 29 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 202

TGGTGGCTCTGATGCTACCTTCTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTCAGAATCCAGAATTTATTCGCCAGTTGACGTCTC


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 202

TGGTGGCTCTGATGCTACCTTCTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTCAGAATCCAGAATTTATTCGCCAGTTGACGTCTC


Block sizes: 29 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 161

TGGTGGCTCTGATGCTACCTTCTTGACTCAAGTTTTGCAAAACCCAACTATGATGCAGATGATGCAGAACATTATGTCTAATCCTCAGTCCATGAATCAGgtatgatgcc ... gttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTCAGAATCCAGAATTTATTCGCCAGTTGACGTCTC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agagcatatttcttgtcctgcttatgcataaagttctgataccttgttgatgcagCTGCTTAATATGAATCCAAATGTACGTAACATGATGGAATCCAATACTCAAATGAGAGAAATGATTCAGAATCCAGAATTTATTCGCCAGTTGACGTCTC
                                         ccttgtt  CT-rich tract
     atatttctt  TA-rich tract