Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agttggttcctatcatgttatttgagacagggttgtgttggtctatgcaactagctgttgttacaagtcctaaaattaactgtattttgttgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCCTCAGCATTATCGATCCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G050460_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G050460_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g16890.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-agttggttcctatcatgt-tatttgagacagggttgtgttggtctatgcaactagctgttgttacaagtcctaaaattaactgtattttgttgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCCTCAGCATTATCGATCCTG-------------------------------
   | |||| ||  ||| |     |    |  | ||     |   |||   | |||||||   |    ||   |||| |||| |   | ||||  ||| |||| ||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||                               
acatcggtttctgccatatgcccatattgcttgattagccagtcttattacattagctgtgtcttt--gtttgaaaaataacagctatctgtttgttttcagATAATGTCGATCTGGGGACAGCCTGTGGTAAATACTTCCGTGTTTGCTGCCTCAGCATTATTGATCCTGGTAACTTCCATACGTCTACCTAGTATTTGAA

upper sequence: GRMZM2G050460_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g16890.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-agttggttcctatcatgt-tatttgagacagggttgtgttggtctatgcaactagctgttgttacaagtcctaaaattaactgtattttgttgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCCTCAGCATTATCGATCCTG
   | |||| ||  ||| |     |    |  | ||     |   |||   | |||||||   |    ||   |||| |||| |   | ||||  ||| |||| ||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
acatcggtttctgccatatgcccatattgcttgattagccagtcttattacattagctgtgtcttt--gtttgaaaaataacagctatctgtttgttttcagATAATGTCGATCTGGGGACAGCCTGTGGTAAATACTTCCGTGTTTGCTGCCTCAGCATTATTGATCCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211445721|gb|FL164466.1|FL164466
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|15590487|gb|BI675103.1|BI675103
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|18164616|gb|BM334455.1|BM334455
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|211447832|gb|FL164470.1|FL164470
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|60354341|gb|DN221314.1|DN221314
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|44900176|gb|CK826721.1|CK826721
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|60358040|gb|DN225013.1|DN225013
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|116826202|gb|EC869965.1|EC869965
EST:     AGGTGACAGTCCACCAC-TCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: AGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|18649989|gb|BM498808.1|BM498808
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|4887277|gb|AI677376.1|AI677376
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|15554273|gb|BI644271.1|BI644271
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCCTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|71772654|gb|DR970582.1|DR970582
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|12970901|gb|BG267215.1|BG267215
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGTTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         CCAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|45567674|gb|CK985687.1|CK985687
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|32912640|gb|CF017452.1|CF017452
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|45848107|gb|CN072050.1|CN072050
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|17921702|gb|BM259353.1|BM259353
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|9794654|gb|BE552962.1|BE552962
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|19822553|gb|BQ048577.1|BQ048577
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|71439472|gb|DR820522.1|DR820522
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|33101139|gb|CF061099.1|CF061099
EST:     ACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: ACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|78027496|gb|DV495883.1|DV495883
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|44681696|gb|CK786744.1|CK786744
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|19057738|gb|BM736405.1|BM736405
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|7227589|gb|AW566230.1|AW566230
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|15590488|gb|BI675104.1|BI675104
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|37378408|gb|CF625893.1|CF625893
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|211445724|gb|FL164469.1|FL164469
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGAMCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
EST: gi|211445722|gb|FL164467.1|FL164467
EST:     TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAA                         ACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC
genomic: TGAGTACTATGCTATGCTGGCTAAGGTGACAGTCCACCACTTCCATGGAAgtaagttatc ... tgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcaactagctgttgttacaagtcctaaaattaactgtattttgttgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCCTCAGCATTATCGATCCTG
                            aattaac  putative branch site (score: 2)
                                       ttttgttgttttcc  putative PPT
                         taaaattaactgtatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agttggttcctatcatgttatttgagacagggttgtgttggtctatgcaactagctgttgttacaagtcctaaaattaactgtattttgttgttttccagACAATGTTGACCTTGGAACAGCCTGTGGAAAATACTTCCGTGTCTGCTGCCTCAGCATTATCGATCCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - -catgtta
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtattt