Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggagtgctttgatagttgcattatattaccatattattccatttttgaagtattgtggtttaccaatatgacactttctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTTGGTCTCATACCTTCTGGTTCAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G049091_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G049091_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g43450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtggagtgctttgatagttgcattatattaccatattattccatttttgaagtattgtggtttaccaatatgacactttctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTTGGTCTCATACCTTCTGGTTCAAAG
||| ||| ||    |  ||   |     |   | ||||    | |||| ||| ||| || |||     | ||    |  ||  |   ||||| ||||  ||   ||| | |||||| ||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
gtgaagtactgcagtccttcattggctatcttacattaccgtaattttaaagcattctgatttgtggttttg---ttccctacttgaagGTAATTGAGGAT---CACAGAATGAGCCTGATACCGTTGCCTGGCATGGTTGGTCTCATACCTTCTGGTTCTAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149087889|gb|EE177157.2|EE177157
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|60394867|gb|DN227736.1|DN227736
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|71321698|gb|DR797541.1|DR797541
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|71330940|gb|DR802278.1|DR802278
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|71321696|gb|DR797540.1|DR797540
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|149087888|gb|EE287172.2|EE287172
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|149111893|gb|EE191049.2|EE191049
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|110532526|gb|EE036710.1|EE036710
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|148942185|gb|EC887190.2|EC887190
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|148999712|gb|EE036711.2|EE036711
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|74242554|gb|DT650468.1|DT650468
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|91869046|gb|EB400256.1|EB400256
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|60341247|gb|DN208220.1|DN208220
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|6307892|gb|AW163859.1|AW163859
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|120480832|gb|EH211048.1|EH211048
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|211422720|gb|FL461576.1|FL461576
EST:     ATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: ATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|78078666|gb|DV507078.1|DV507078
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
EST: gi|78083456|gb|DV511849.1|DV511849
EST:     TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAG                         GTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT
genomic: TATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 110

TAAATTTGACATGGAACCTCACAGTGATAATTTGGCGAACTATGGAAAGTTATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTTGGTCTCATACCTTCTGGTTCAAAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 101

TAAATTTGACATGGAACCTCACAGTGATAATTTGGCGAACTATGGAAAGTTATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTTGGTCTCATACCTTCTGGTTCAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 119

TAAATTTGACATGGAACCTCACAGTGATAATTTGGCGAACTATGGAAAGTTATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTTGGTCTCATACCTTCTGGTTCAAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 76

TAAATTTGACATGGAACCTCACAGTGATAATTTGGCGAACTATGGAAAGTTATGTCGTGAAAGAACACAAAAATATATGGTTAAATCTAGACAAGTGCAGgtggagtgct ... ctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTTGGTCTCATACCTTCTGGTTCAAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attattccatttttgaagtattgtggtttaccaatatgacactttctgatcatagGTACTTGACAATGACCACGGTATGAGCATGAGACCAATGCCTGGCTTGGTTGGTCTCATACCTTCTGGTTCAAAG
                                           ttctgat  putative branch site (score: 76)
                                       cactttct  CT-rich tract
        atttttgaagtatt  TA-rich tract