Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatgttacccctcgtcttgcatatacgttgttacacatcataggcaacctattttttgtgctaatctgttgaactactgatcatttcaaagtgactgttgggtgaaactgcccttttttctgcaaacgtaactttctatttctgtttctcagctctttttcgttgcatttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAACAGACATCAATCACCCGCTAAACAAGTTAGGAAATGCAAATATACTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G047219_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G047219_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g01970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaaatgttacccctcgtcttgcatatacgttgtt---acacatcataggcaacctattttttgtgctaatctgttgaactactgatcatttcaaagtgactgttgggtgaaactgcccttttttctgcaaacgtaactttctatttctgtttc-tcagctctttttcgttgcatttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAACAGACATCAATCACCCGCTAAACAAGTTAGGAAATGCAAATATACTG
|||||   |   | | |||||||| ||   || ||   ||   |        | ||||  | |    ||| |   |  | ||   || | ||    ||  ||     |   | || |  ||||||      |  | | |   | ||  || ||| |      ||||||||  ||| || ||| ||| |||||||| |||| ||| ||  | |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
gtaaaacat---ctttgtcttgcagatggattctttgaacttgtttcttttcagctatgctgttctttaaaccagt--attatcaatgacttgttggt--ctagctagcatagctcctttttttttcagttaattcattccttgttcatgattcgtttatgttttttcgt--catcttcatgtagCCAAGAGCATTGGTGTAAAACAGGTGGTTTTGGTTGGATCCATGGGCGGCACAGATGTCAATCACCCACTAAATAAGTTAGGAAATGCAAATATACTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148955762|gb|EC901460.2|EC901460
EST:     AAGAATCAAATTGATGGGG                         TTAAGAGCATCGGGGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: AAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|50331999|gb|CO527125.1|CO527125
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|211142589|gb|FL359509.1|FL359509
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTT-GGTGGGATCCATGGGAGGA
EST: gi|211529297|gb|FL356731.1|FL356731
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTT-GGTGGGATCCATGGGAGGA
EST: gi|17931616|gb|BM268576.1|BM268576
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|149015400|gb|EE045246.2|EE045246
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|74243388|gb|DT651302.1|DT651302
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCNAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|148966374|gb|EE017368.2|EE017368
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGG
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGG
EST: gi|12045929|gb|BF728159.1|BF728159
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|211072521|gb|FL326767.1|FL326767
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|148996959|gb|EE035773.2|EE035773
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|76293497|gb|DV033065.1|DV033065
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|78180658|gb|DV550986.1|DV550986
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCAC
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCAC
EST: gi|32848760|gb|CD988441.1|CD988441
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|211394348|gb|FL351051.1|FL351051
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTTGGTGGGATCCATGGGGAGT
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTT-GGTGGGATCCATGGG-AGG
EST: gi|89251955|gb|DY623741.1|DY623741
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|148966373|gb|EE017367.2|EE017367
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|89762676|gb|DY690164.1|DY690164
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|6742502|gb|AW313317.1|AW313317
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|71774203|gb|DR972081.1|DR972081
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
EST: gi|211267296|gb|FL319984.1|FL319984
EST:     -TGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAA-TTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTT-GGTGGGATCCATGGGAGGA
EST: gi|91055640|gb|EB166058.1|EB166058
EST:     GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTG                         CTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAAATTGATGCTGgtaaatgtta ... ttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaacgtaactttctatttctgtttctcagctctttttcgttgcatttttatgcagCTAAGAGCATCGGTGCAAAGCACATAGTTTTGGTGGGATCCATGGGAGGAACAGACATCAATCACCCGCTAAACAAGTTAGGAAATGCAAATATACTG
  acgtaac  putative branch site (score: 3)
                                          cattttt  putative PPT
                                           atttttat  TA-rich tract