1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaactaatctaatctcgtcttagcgggtattgtacagatcaggaatcttactctttcttgatatactctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGCCAAATAAGAAGATGGAGGCAATTAATTTAATTGAAGATTCAACAAATAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G047093_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGAAAGTCCCTCGGTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGCGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGCEST: gi|211430405|gb|FL005436.1|FL005436
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGC
EST: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATG CTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAAT
genomic: TGGAAAGTCCCTCGTTGAAGTAAACAGAAGTTTCCTTGAAAAACACAATGgtaactaatc ... tctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAAT
agcgggtattgtacagatcaggaatcttactctttcttgatatactctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGCCAAATAAGAAGATGGAGGCAATTAATTTAATTGAAGATTCAACAAATAT
tactcttt CT-rich tract
ttgatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaactaatctaatctcgtcttagcgggtattgtacagatcaggaatcttactctttcttgatatactctttgacagCTTCCTTGATGCACCGAGCAGCTGGTGCTGAAATGATGTATCTCTTAGAGCCAAATAAGAAGATGGAGGCAATTAATTTAATTGAAGATTCAACAAATAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA