ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
PPT, BS, UA-tract

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtgagctgattcgattcgattctattctccactgaaccgtttccacttggaaattagtgatcttcgctaattttcaaatctcatttgctctcttgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACGAGGGATACGCCCTCCCCCACGCCATCCTTCGTCTCGACCTGGCTGGCCG

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G047055_T03
intron #	3
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G047055_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g50885.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2

gtgagctgattcg-attcgattctatt--ctccactgaaccgtttccacttggaaattagtgatcttcgctaattttcaaatctcatttgctctcttgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACGAGGGATACGCCCTCCCCCACGCCATCCTTCGTCTCGACCTGGCTGGCCG
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ataaatggaatcatgtttgaacatcctaattctgttggcatggagtgctttgacattt--tgatgtgctacagttgtgaa---taactgaatttcct-tttcccagGTATTGTGTTGGACTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTATGAAGGATATGCTCTCCCCCATGCTATCCTTCGTCTCGACCTTGCTGGGCG

upper sequence: GRMZM2G047055_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S337_21V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4

-------------------------------------gtgagctgatt-------cgattcgattctattctccactgaaccgtttc-cacttggaaattagtgatcttcgctaattttcaaatctcatttgc---------tctcttgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACGAGGGATACGCCCTCCCCCACGCCATCCTTCGTCTCGACCTGGCTGGCCG
                                     ||| | || ||        | |     | | |       ||    ||||  ||   | |  || |||      | |||    |  |   || |||          |    |||    ||||||||||||| |||   ||||||||||| | |||||| || || ||||||||||| ||||| || || ||||||||  | ||  | ||| |||| || ||
gtgagtgatgggagaaggggtgaggtgaatgcagcatgtgcgttggttgcgaaagtggtggaggtgtgtggagaggtggggtgtttgacatgggaaggtttgtgggtcggggtaagaaactgagagcagttgtggtgatgaatgcaatgcaatgcagGTATCGTGCTGGACAGTGGAGATGGTGTGACCCACACGGTGCCAATCTACGAGGGTTACGCACTGCCTCACGCCATATTGCGATTAGACTTGGCGGGTCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|149051760|gb|EE155884.2|EE155884

EST:     CGTCCCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTAC
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGG-TGTCAGCCACACTGTCCCCATCTAC

EST: gi|21621437|gb|BQ619443.1|BQ619443

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|32911485|gb|CF016297.1|CF016297

EST:     CGTCGCCATCCGGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149071878|gb|EE160266.2|EE160266

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|21390426|gb|BQ528475.1|BQ528475

EST:     GGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: GGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|21236622|gb|BQ442039.1|BQ442039

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|67010753|gb|CO439502.1|CO439502

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149084457|gb|EE173915.2|EE173915

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|148943326|gb|EC888384.2|EC888384

EST:     GTCGCCATTCAGGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: GTCGCCATCCA-GGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|148982853|gb|EE028703.2|EE028703

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|148930172|gb|EC872554.2|EC872554

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|30306999|gb|CD001672.1|CD001672

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAG-GGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|148937756|gb|EC881963.2|EC881963

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|8577195|gb|BE129832.1|BE129832

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTTTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|148928431|gb|EE285192.2|EE285192

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149077342|gb|EE166021.2|EE166021

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|148995731|gb|EE034959.2|EE034959

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|148963975|gb|EE015103.2|EE015103

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149107328|gb|EE189209.2|EE189209

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|31353585|gb|CD437942.1|CD437942

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149100531|gb|EE186614.2|EE186614

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCCTCTAC
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGG-AGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTAC

EST: gi|149085206|gb|EE174712.2|EE174712

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|29946699|gb|CB816281.1|CB816281

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149009778|gb|EE041676.2|EE041676

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|21481097|gb|BQ577780.1|BQ577780

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149078654|gb|EE167442.2|EE167442

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|14529493|gb|BI096626.1|BI096626

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149000237|gb|EE037385.2|EE037385

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|28873658|gb|CB329616.1|CB329616

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|148983077|gb|EE028990.2|EE028990

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|32869016|gb|CF008698.1|CF008698

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|31998517|gb|CD662114.1|CD662114

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|29576869|gb|CB616981.1|CB616981

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGTAGATGG-GTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149009777|gb|EE154099.2|EE154099

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|13150492|gb|BG320814.1|BG320814

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|67041299|gb|CO467554.1|CO467554

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|28390261|gb|CB250127.1|CB250127

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAG-GGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|21626396|gb|BQ621317.1|BQ621317

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|211220928|gb|FL350856.1|FL350856

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGT
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGT

EST: gi|32912485|gb|CF017297.1|CF017297

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|78125357|gb|DV543741.1|DV543741

EST:     CGTCGCCATTCAGGCGGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|149059473|gb|EE156958.2|EE156958

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
genomic: CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAGgtgagctgat ... tgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG

EST: gi|148945800|gb|EC891086.2|EC891086

EST:     CGTCGCCATCCAGGCCGTCCTGTCTCTGTATGCCAGTGGTCGTACCACAG                         GTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACG
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atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaaattagtgatcttcgctaattttcaaatctcatttgctctcttgcctctcagGTATCGTGCTCGACTCGGGAGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCCATCTACGAGGGATACGCCCTCCCCCACGCCATCCTTCGTCTCGACCTGGCTGGCCG

                cgctaat  putative branch site (score: 3)
                              tctcatttgctctctt  putative PPT
                   taattttcaaatct  TA-rich tract

Data associated with selected splice site

Sequence

Basic information

Orthologous splice sites

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments