ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtaagcaatacacgtttatgtatctgatgcctattactatgacttgtaagtcatgcgaccaactgatttgtttttgcaatttttgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCTATGCTTTTATCACTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G044348_T04
intron #	3
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G044348_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G03120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2

gtaagcaatacacgtttatgtatctgatgcctattacta-tgacttgtaagtcatgcgaccaactgatttgtttttgcaatttttgtta-tgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCTATGCTTTTATCACTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
|||||  | | |||   ||     || |   | ||| || |||        ||      | | || | |||||| |    |||    |  |||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||||||| | ||||| ||| |  | ||||||||||||||||| || ||||
gtaagacaaagacgca-atcagattgtttttttttattagtgaaacaattttccaaattcgatctaaattgtttctttggtttgaaatggtgtagGAGACGATGTCAAAAGAACATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCACTTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCAAAGGACTTGG

upper sequence: GRMZM2G044348_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3

gtaagcaatacacgtttatgtatctga--tgcctattactatgacttgtaagtcatgcgaccaactgatttgt-----ttttgcaatttttgtt-atgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCTATGCTTTTATCACTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
||||| || |       | ||  |||   | | |||| ||||| | | |   |||||   |         |||     |||||  || ||  || ||| ||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
gtaag-aacaattagccaagttcctgcctttcttatttctatgccatatttttcatgattctggaaagcctgtccgaattttgatatgttcattcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCAATGCTGTTATCACTATTCCTTCTCTTCAAGTTTCTATCAAAAGACTTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|149012865|gb|EE042709.2|EE042709

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|211345313|gb|FL467149.1|FL467149

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|71435689|gb|DR816739.1|DR816739

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|148948442|gb|EC893960.2|EC893960

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|211267468|gb|FK986910.1|FK986910

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCC
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCC

EST: gi|149027788|gb|EE286084.2|EE286084

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|148991460|gb|EE032969.2|EE032969

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|148948218|gb|EC893734.2|EC893734

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|32921110|gb|CF025922.1|CF025922

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|91875915|gb|EB405872.1|EB405872

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|149097124|gb|EE182936.2|EE182936

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|50330013|gb|CO525139.1|CO525139

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|17930295|gb|BM267255.1|BM267255

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|149001048|gb|EE038297.2|EE038297

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|149100817|gb|EE186911.2|EE186911

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|78088713|gb|DV517106.1|DV517106

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|17930284|gb|BM267244.1|BM267244

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|149110465|gb|EE190430.2|EE190430

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|149067509|gb|EE157716.2|EE157716

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|148976595|gb|EE025942.2|EE025942

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCCACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|32920656|gb|CF025468.1|CF025468

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|32921020|gb|CF025832.1|CF025832

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|31360319|gb|CD444676.1|CD444676

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|32920553|gb|CF025365.1|CF025365

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|32920675|gb|CF025487.1|CF025487

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|148943973|gb|EC889054.2|EC889054

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|211267467|gb|FK986909.1|FK986909

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|148930101|gb|EC872413.2|EC872413

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

EST: gi|94475590|gb|EB704548.1|EB704548

EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 108

ACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAAGCCAACTCCACCTTCTgtaagcaata ... tgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCTATGCTTTTATCACTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 157

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 158

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 176

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgacttgtaagtcatgcgaccaactgatttgtttttgcaatttttgttatgtagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTCCCTTTAGTTGGAAGCGCTATGCTTTTATCACTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG