1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aagtgttttttccaagaaagtgaatattttatgattgcggtataccctttactgagttcatgatggcagttacatttctgtgatgtatccactctaacagGATTTCCAGAAGGACATAGTTAGAGCAGCTGAAGGTTTGGTGTCTATTGGAAACAAACATATTGAAGTGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G043758_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAGACATCAACAGCTTGAGAAATTGTATACTTCTACTCGTTCTGTAAGG GATTTCCAGAAGGACATAGTTAGAGCAGCTGAAGGTTTGGTGTCTATTGGA
genomic: AGAGACATCAACAGCTTGAGAAATTGTATACTTCTACTCGTTCTGTAAGGgtaagaaggg ... actctaacagGATTTCCAGAAGGACATAGTTAGAGCAGCTGAAGGTTTGGTGTCTATTGGA
cctttactgagttcatgatggcagttacatttctgtgatgtatccactctaacagGATTTCCAGAAGGACATAGTTAGAGCAGCTGAAGGTTTGGTGTCTATTGGAAACAAACATATTGAAGTGG
tccactct CT-rich tract
ttacattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagtgttttttccaagaaagtgaatattttatgattgcggtataccctttactgagttcatgatggcagttacatttctgtgatgtatccactctaacagGATTTCCAGAAGGACATAGTTAGAGCAGCTGAAGGTTTGGTGTCTATTGGAAACAAACATATTGAAGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- -tgttttt
- - - - - - caagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - -tgattgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgatg