1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtacaatgcctgctaggttgcgctgtgatcactcatactctccaaaggactatcttgcattaaactagctgtagtaatttttgcctcgtcgtttatgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGACAGCGAGGACATGGAGGAGGAAATTGAAGAGGAGGTTGACAAGGTCCTCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G042552_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCCGGAGGTTGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAG GCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACTCTGGACEST: gi|76931368|gb|DV172713.1|DV172713
genomic: CCCCCGAGGTCGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAGgtacaatgcc ... tgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGAC
EST: CCCCCGAGGTCGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAG GCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGACEST: gi|14255660|gb|BG878568.1|BG878568
genomic: CCCCCGAGGTCGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAGgtacaatgcc ... tgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGAC
EST: CCCCCGAGGTCGCAGCCTCAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAG GCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGACEST: gi|4646886|gb|AI621961.1|AI621961
genomic: CCCCCGAGGTCGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAGgtacaatgcc ... tgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGAC
EST: AGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAG GCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGACEST: gi|21759932|gb|BQ635473.1|BQ635473
genomic: AGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAGgtacaatgcc ... tgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGAC
EST: AGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAG GCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACTCTGGACEST: gi|44901356|gb|CK827901.1|CK827901
genomic: AGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAGgtacaatgcc ... tgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGAC
EST: CCCCGGAGGTTGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAG GCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACTCTGGACEST: gi|149039514|gb|EE046657.2|EE046657
genomic: CCCCCGAGGTCGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAGgtacaatgcc ... tgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGAC
EST: CCCCCGAGGTCGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAG GCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGACEST: gi|14311555|gb|BG901310.1|BG901310
genomic: CCCCCGAGGTCGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAGgtacaatgcc ... tgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGAC
EST: CCCCCGAGGTCGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAG GCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGAC
genomic: CCCCCGAGGTCGCAGCCACAATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACAAAGgtacaatgcc ... tgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGAC
tatcttgcattaaactagctgtagtaatttttgcctcgtcgtttatgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGACAGCGAGGACATGGAGGAGGAAATTGAAGAGGAGGTTGACAAGGTCCTCA
tagtaattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacaatgcctgctaggttgcgctgtgatcactcatactctccaaaggactatcttgcattaaactagctgtagtaatttttgcctcgtcgtttatgtggtgtagGCTGGTGTGATGGAAGAAATGGTCAACGATGCTTTAGATTCAACGCTGGACAGCGAGGACATGGAGGAGGAAATTGAAGAGGAGGTTGACAAGGTCCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG