Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtatactcattaactaccttgatagtctcatgtacacctaaagtattttattattgctgtcccaatctgccaaaactcaagaactacattctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G037698_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G037698_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os10g32880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
-------------------------------------------------------------ttgtatactcat-taactaccttgatagtctcatgtacacctaaagtattttatt--attgctgtcccaatctgccaaaactcaagaac--tacattctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC
                                                               ||  | | |  ||  |    |   |||  |   |    ||| |   |||   |  |   ||  |  ||||  | |   |||||  |   || | | ||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || 
gtaaggcttcgctggaatgctgagaaaattattgtggagtggcaggcttcagcagcgtgtggcgtggatttacctatgttttgtacaagtaactgatggtgctataccttttagctgaaaaacttgcataatcctcaaggcctcaatcatgttatactatttgcagGTTGTGAAGCCCAGACAATTGCAGGCTGCAAGCATTCCCGGACTCCTGGGGATGTTCCAAAAT

upper sequence: GRMZM2G037698_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S14_250V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
-------------------------ttgtatactcattaactaccttg-atagtctcatgtacacctaaagta-ttttattattgctgtcccaatctgccaaaactcaagaa-------ctac---attctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC
                         || | || |  || | ||   |   | |     | | || | | | ||   | |||||   ||         |   ||     ||||       ||||   |||  |||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||| | |||||  | ||||| || 
gtctccgcatatggcgttctgaaacttttttaattcttcattattgtatgttgaaatgtattcagcaacaatagcctcattatcagtgatttttaacgttgaatgctgagaaaacagtcctacgtgattgattgcagGCTGTGAAGCCAAGGCCTTTGCAAGCTGCAAGCATACCGGGAATGCTTGGACTCTTTCAAAAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211398025|gb|FL052448.1|FL052448
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|26457390|gb|CA828973.1|CA828973
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|149082488|gb|EE171681.2|EE171681
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211398014|gb|FL052437.1|FL052437
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211395393|gb|FL052425.1|FL052425
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|31350321|gb|CD434678.1|CD434678
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211398013|gb|FL052436.1|FL052436
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211392771|gb|FL052416.1|FL052416
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502075|gb|FL052463.1|FL052463
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502066|gb|FL052454.1|FL052454
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211395397|gb|FL052429.1|FL052429
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211392764|gb|FL052409.1|FL052409
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211124460|gb|FL005599.1|FL005599
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211504415|gb|FL052464.1|FL052464
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211506780|gb|FL052483.1|FL052483
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211390140|gb|FL052400.1|FL052400
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211395402|gb|FL052434.1|FL052434
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211392763|gb|FL052408.1|FL052408
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTTAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211504416|gb|FL052465.1|FL052465
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211504420|gb|FL052469.1|FL052469
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211398015|gb|FL052438.1|FL052438
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211392766|gb|FL052411.1|FL052411
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|148956938|gb|EC902874.2|EC902874
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|148987120|gb|EE030948.2|EE030948
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211504425|gb|FL052474.1|FL052474
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211395400|gb|FL052432.1|FL052432
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAASSATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|60397274|gb|DN230090.1|DN230090
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211504427|gb|FL052476.1|FL052476
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211392769|gb|FL052414.1|FL052414
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211395398|gb|FL052430.1|FL052430
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211504417|gb|FL052466.1|FL052466
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502064|gb|FL052452.1|FL052452
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211398012|gb|FL052435.1|FL052435
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211392768|gb|FL052413.1|FL052413
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211125228|gb|FL005601.1|FL005601
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|148940045|gb|EC884788.2|EC884788
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211506776|gb|FL052479.1|FL052479
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211506777|gb|FL052480.1|FL052480
EST:     CAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTTCCAGGACTCCTTGG
genomic: CAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATC-GTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATT-CCAGGACTCCTTGG
EST: gi|211125241|gb|FL005614.1|FL005614
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502068|gb|FL052456.1|FL052456
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502063|gb|FL052451.1|FL052451
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211504428|gb|FL052477.1|FL052477
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAASCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211506781|gb|FL052484.1|FL052484
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211395391|gb|FL052423.1|FL052423
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211392761|gb|FL052406.1|FL052406
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211506782|gb|FL052485.1|FL052485
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211395401|gb|FL052433.1|FL052433
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211504424|gb|FL052473.1|FL052473
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211395395|gb|FL052427.1|FL052427
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGTCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211392774|gb|FL052419.1|FL052419
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGTCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211398022|gb|FL052445.1|FL052445
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502071|gb|FL052459.1|FL052459
EST:     CCAAGGATGAGCTTACYATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GYCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502073|gb|FL052461.1|FL052461
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|26456415|gb|CA827998.1|CA827998
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502067|gb|FL052455.1|FL052455
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCCTTGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCC-TTGG
EST: gi|211506778|gb|FL052481.1|FL052481
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211398023|gb|FL052446.1|FL052446
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|31354887|gb|CD439244.1|CD439244
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCATCTTT                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211398021|gb|FL052444.1|FL052444
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211125235|gb|FL005608.1|FL005608
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211395390|gb|FL052422.1|FL052422
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCTAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|149095787|gb|EE181433.2|EE181433
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|148958621|gb|EC904872.2|EC904872
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502065|gb|FL052453.1|FL052453
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAASSATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211504418|gb|FL052467.1|FL052467
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGTCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211398020|gb|FL052443.1|FL052443
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211125229|gb|FL005602.1|FL005602
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211392773|gb|FL052418.1|FL052418
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGG
EST: gi|211502061|gb|FL052449.1|FL052449
EST:     CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAG                         GTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTC
genomic: CCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 262

GACCATGGCAAGTGCCCCATCACCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 155

GACCATGGCAAGTGCCCCATCACCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 177

GACCATGGCAAGTGCCCCATCACCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 143

GACCATGGCAAGTGCCCCATCACCAAGGATGAGCTTACTATGGATGATATCGTGCCGGTCAATACCAACAAGgtatggtttc ... ttctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttattattgctgtcccaatctgccaaaactcaagaactacattctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC
                                           cattcttt  CT-rich tract
     tattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgtatactcattaactaccttgatagtctcatgtacacctaaagtattttattattgctgtcccaatctgccaaaactcaagaactacattctttgcagGTCGTGAAGCCCAGGCCTTTGCAGGCTGCAAGCATTCCAGGACTCCTTGGGATTTTTCAGAAC

- - - - - - - - - - - - - - - catgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctgcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactaca