1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gccagtacaattaacagataaatatatactttattttatccagctgcttgatagtcatttagctcgtatacttaatttgctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTCCTGTTTATAATTGCACTCAACTTGGCTATTGGGATACTACCTCATGCTGACAACTTTGCTCACATTGGTGGATTCGCAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G033937_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATGCTTTCTGAGCTACTCATGAACT-GACTATATACTCCAACAAG GCAGCAGCTATAATAACACTCCTGTTTATAATTGCACTCAACTTGGCTATTEST: gi|88753280|gb|DY537421.1|DY537421
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ttttatccagctgcttgatagtcatttagctcgtatacttaatttgctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTCCTGTTTATAATTGCACTCAACTTGGCTATTGGGATACTACCTCATGCTGACAACTTTGCTCACATTGGTGGATTCGCAA
acttaat putative branch site (score: 482)
tttgctctt CT-rich tract
tatacttaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gccagtacaattaacagataaatatatactttattttatccagctgcttgatagtcatttagctcgtatacttaatttgctcttgcagGCAGCAGCTATAATAACACTCCTGTTTATAATTGCACTCAACTTGGCTATTGGGATACTACCTCATGCTGACAACTTTGCTCACATTGGTGGATTCGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA