Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgccttcttccataaactgattcacttgtttgcaattgaacattatatatgatattatgtttcatacaccgattcttcattgtactgttgtgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGTGTAAAGTAGTTGATGGTGGGGAATTGAAATCACGGCGCCACCTAAATGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G033526_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G033526_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os10g42100.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---------------------------------------tgccttcttccataaactgattcacttgtttgcaattgaacattatatatgatattatgtttcatacaccgattcttcattgtactgttgtgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGTGTAAAGTAGTTGATGGTGGGGAATTGAAATCACGGCGCCACCTAAATGT
                                       || |||  |  ||       ||  |||| || ||  |  ||| |  | |        | |  |||  ||  ||  ||  ||||    |||||||||  ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| | ||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
gtgaggactgatctatcaatcttcatatcctgctttgattgtctttctttatgt-tgagttagcttgcttacaggtagacagttcaga-------gtatggcatctacttatcattggttgtttcattgtgtgctgtagGAGGAATGATGTCACTCGCTGTCAAGTCTAAAACAGCTGATACGGTTAAGTGTGAAGTAGTTGATGGTGGGGAACTGAAATCAAGGCGCCACCTAAATGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|109179220|gb|EC379875.1|EC379875
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGCTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGT
EST: gi|148996370|gb|EE035657.2|EE035657
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCCAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGT
EST: gi|148948014|gb|EC893515.2|EC893515
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATG                         GAGGAATGATGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGT
EST: gi|211063108|gb|FL052209.1|FL052209
EST:     GATGACTTCATAAAATGATGT-GAAACTGGCGACATACTATTAGTGGATG                         GGAAGGA-TGATGTCGCTTTGCTGTGAAGTCTAAA
genomic: GATGACTTCATAAA-TGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagG-A-GGAATGATGTCGCTT-GCTGTGAAGTCTAAA
EST: gi|211511544|gb|FL285063.1|FL285063
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCCGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGT
EST: gi|149071582|gb|EE159974.2|EE159974
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGT
EST: gi|148986175|gb|EE029941.2|EE029941
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGT
EST: gi|76287861|gb|DV027429.1|DV027429
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAA
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAA
EST: gi|21760081|gb|BQ635622.1|BQ635622
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCCGATACAGTCA
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 349

TTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGTGTAAAGTAGTTGATGGTGGGGAATTGAAATCACGGCGCCACCTAAATGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 237

TTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGTGTAAAGTAGTTGATGGTGGGGAATTGAAATCACGGCGCCACCTAAATGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 137

TTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGTGTAAAGTAGTTGATGGTGGGGAATTGAAATCACGGCGCCACCTAAATGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 914

TTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGCGACATACTATTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGTGTAAAGTAGTTGATGGTGGGGAATTGAAATCACGGCGCCACCTAAATGT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatgatattatgtttcatacaccgattcttcattgtactgttgtgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGTGTAAAGTAGTTGATGGTGGGGAATTGAAATCACGGCGCCACCTAAATGT
      atattatgtttcata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgccttcttccataaactgattcacttgtttgcaattgaacattatatatgatattatgtttcatacaccgattcttcattgtactgttgtgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAACCGATACAGTCAAGTGTAAAGTAGTTGATGGTGGGGAATTGAAATCACGGCGCCACCTAAATGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
tgccttc
- - - - - - - - -tgattca
- - - - - - - - - - - - - tgtttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -actgttg