Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggtgttgaaagcttgttcttttctggatagcttctgctataaacattatcataatccttgaattgaatgaacattttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTGTATTAGGTCCCCGGACCATCCAGCATGAGACTCTTGCCACAGAAGCTCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G031501_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G031501_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g48080.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
--gtggtgttgaaagcttgttcttttctggatagcttctgctata--aacattatcataatccttgaat-tgaatgaacattttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTGTATTAGGTCCCCGGACCATCCAGCATGAGACTCTTGCCACAGAAGCTCC
   |  |  |      |  || |  |    ||   |     ||||  |||| |    |      | | |     |   ||  |   | |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||| ||||| |||||||||||| ||| | | || ||| |
gtatcatcattttgcttcattttaattgaaatgaatagcattatattaacaatgcagtttctaataagtacttctttgcacatatatgcagGCATGGCTTTTGGTACTGGTAGTGCCATGGCACATAGGGCTGTTGATGCTGTAATGGGTCCCCGTACCATTCAGCATGAGACTGTTGTCTCCGAGGCTGC

upper sequence: GRMZM2G031501_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA07G30160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---------gtggtgttgaaagcttgttcttttctggatagcttctgctataaacattatcataatccttgaattgaatgaacattttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTGTATTAGGTCCCCGGACCATCCAGCATGAGACTCTTGCCACAGAAGCTCC
         |     || |       ||    |   |  | | | ||  | ||  |  |||||  |   ||  ||  ||     |||| |  |||||||||| |||||||| || |||||  |||||||||||||||| ||  ||||  | ||||| || ||||| || |||||  |  | | ||| || ||| |
gtatgtgaaggaagattaatgttacatttgccttatggaatcctgtgaaagaagaaaaatcatcttatctggtttctattggtgtttt-tcccagGTATGGCTTTTGGCACTGGAAGTGCAGTGGCACACAGGGCTGTGGATGCTGTCATGGGTCCTCGTACCATTCAACATGAAGCAGTAGTCACGGAGGCTGC

upper sequence: GRMZM2G031501_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G07150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
--------gtggtgttgaaagct-tgttcttttctggatagcttctgctataaacattatcataatccttgaattgaatgaacattttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTGTATTAGGTCCCCGGACCATCCAGCATGAGACTCTTGCCACAGAAGCTCC
          |  | |||| | |   || |  |   |  | | | ||  | |||  || ||||  |   ||  ||  ||     |||| ||||||||||||| |||||||| || |||||  |||||||||||||||| ||  | ||  | ||||| || ||||| || ||||| ||  |||  ||||| ||| |
gtatgtgaaggaagatgaatgttacattttccttatggaatcctgtgtaagaaaatttttcatcttatctggtttctattgggtttttttttcagGTATGGCTTTTGGCACCGGAAGTGCAGTGGCACACAGGGCTGTGGATGCAGTCATGGGTCCTCGTACCATTCAACATGAAACAGTTGTTACAGAGGCTGC

upper sequence: GRMZM2G031501_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G64400.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
------------------------gtggtgttgaaa-----gcttgttcttttctggatagcttc---tgctataaacattatcataatccttgaattgaatgaacattttcttt-----cagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTGTATTAGGTCCCCGGACCATCCAGCATGAGACTCTTGCCACAGAAGCTCC
                         |  | |||||        ||||   | | |  |   |  |   || | |       ||| |  | | | |  ||  ||    | || ||       ||||||||| ||||| || || |||||  | ||||||||||||||||| |||||  | ||||| || ||||| ||||||||| || |||   | |   || |
gtaaatcagcctaattatttctgtttaattttgaagctattatttgtctctctatatacgaccccaattgttttgtctggaatcgtctttccttacctgtttgtttgtgtttttgggaaatagGTATGGCTTTTGGTACTGGAAGTGCAGTTGCACACAGGGCTGTTGATTCTGTGATGGGTCCACGAACCATTCAGCATGAGGCTGTTGAGGCTGCTTCTGC

upper sequence: GRMZM2G031501_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv03s0038g01340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
-----------------------------gtggtgttgaaagcttgttcttttctgg---atagcttctgctataa-acattatcataatccttgaattga-atgaacattttctttc-------agGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTGTATTAGGTCCCCGGACCATCCAGCATGAGACTCTTGCCACAGAAGCTCC
                              | || | |  |  | |||   |  |     ||   |||| ||  |    || |    || |    |  ||| |    |  ||||| ||       ||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||  ||||  | || || || ||||| || ||||| ||| | ||| | || ||  |
gtaagtgacgttttctgatatctctatcatttgtataggcatgtagtttaatcataacacatgcattctccttcagtgaatgaatccaagcacaaatgtgacacagtctctttctctcttatcatagGTATGGCTTTTGGCACGGGAAGTGCAGTGGCACATAGGGCTGTTGATGCTGTGATGGGGCCTCGCACCATTCAACATGAAACTGTGGCCTCTGAGGCAGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211405839|gb|FL407122.1|FL407122
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|166518221|gb|EG174977.1|EG174977
EST:     GGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCT
genomic: GGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGG-TAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCT
EST: gi|95107989|gb|EB740218.1|EB740218
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|71318784|gb|DR796151.1|DR796151
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|211453534|gb|FL470132.1|FL470132
EST:     GAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: GAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|166569817|gb|EG319858.1|EG319858
EST:     TGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGACACACAGGGC
genomic: TGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGG-CACACAGGGC
EST: gi|29544849|gb|CB605457.1|CB605457
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|76286588|gb|DV026156.1|DV026156
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|211111306|gb|FL429155.1|FL429155
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGC-ATGGGCACACAGGGCTGTTGACTCT
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGG-CACACAGGGCTGTTGACTCT
EST: gi|211384431|gb|FL031619.1|FL031619
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|211300838|gb|FL383941.1|FL383941
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|91874543|gb|EB404500.1|EB404500
EST:     GGTCCCCCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGAAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTGGACTCTG
genomic: GGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|31557968|gb|CD527180.1|CD527180
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|101391440|gb|EB817655.1|EB817655
EST:     GAATTGGGTCCACCCCTTCCCCAAG                         GTATGGGGTTGGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGATTCTG
genomic: GAATTGGGTCCA-CCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|78077554|gb|DV505988.1|DV505988
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|26558890|gb|CA831125.1|CA831125
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|211324240|gb|FL428043.1|FL428043
EST:     AGATGGTGGT-GCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|50332813|gb|CO527939.1|CO527939
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|60357200|gb|DN224173.1|DN224173
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|16927252|gb|BM080321.1|BM080321
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|30087524|gb|CB885730.1|CB885730
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGTTATTTTTATTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|32945862|gb|CF050681.1|CF050681
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|37386986|gb|CF630685.1|CF630685
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|33092262|gb|CF052256.1|CF052256
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|32913922|gb|CF018734.1|CF018734
EST:     GGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: GGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|86469802|gb|DY236172.1|DY236172
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|211024379|gb|FL369393.1|FL369393
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|22520924|gb|BU079735.1|BU079735
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|50332814|gb|CO527940.1|CO527940
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|211318662|gb|FL467579.1|FL467579
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|5268451|gb|AI770415.1|AI770415
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|18178360|gb|BM379570.1|BM379570
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|21987560|gb|BQ779088.1|BQ779088
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|9733080|gb|BE511832.1|BE511832
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|24769538|gb|CA404667.1|CA404667
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|211496776|gb|FL405072.1|FL405072
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGT-C-ATGGCA-ACAGGGCTGTTGANTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|14243846|gb|BG841549.2|BG841549
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
EST: gi|4834937|gb|AI670163.1|AI670163
EST:     AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAG                         GTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG
genomic: AGATGGTGGTGGCTCCATGTTTGGAGGAATTGGGTCCACCATTGCTCAAGgtggtgttga ... tttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttctgctataaacattatcataatccttgaattgaatgaacattttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTGTATTAGGTCCCCGGACCATCCAGCATGAGACTCTTGCCACAGAAGCTCC
                                          cattttctttc  CT-rich tract
        tataaacattatcata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtggtgttgaaagcttgttcttttctggatagcttctgctataaacattatcataatccttgaattgaatgaacattttctttcagGTATGGCGTTTGGCACGGGTAGTGCCATGGCACACAGGGCTGTTGACTCTGTATTAGGTCCCCGGACCATCCAGCATGAGACTCTTGCCACAGAAGCTCC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC