Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtaacgtgctaacttccgtacctgttttctttcccacgggaaatactcacttttgctcatcatttcctgctgattctggatcatactatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAGATGTTGTTATTCGTGCAAAGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030072_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G030072_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g22430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtagtaacgtgctaacttccgtacctgttttctttcccacgggaaatactcacttttgctcatcatttcctgctgattctg----gatcatactatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAGATGTTGTTATTCGTGCAAAGGAG
                             |  |      |  | | ||||  ||||   | ||  ||||||  | ||  ||    |||  ||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || |||
----------------------------gtattaatatgccaggagtactttctttccttgattgtttcctttttatgatgaaaagattctatcatgccagCTATGATTCAGCAACCTCGTATCCCTTCATATGGAATGATGCAAGCATCTGATGTTGTTATTCGGGCGAAAGAG

upper sequence: GRMZM2G030072_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA03G39570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtagtaacgtgctaacttccgtacctgttttctttcccacgggaaatactcacttttgctcatcatttcctgctgattctggatcatactatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAGATGTTGTTATTCGTGCAAAGGAG
   |||   |    | ||   |   ||  ||  ||||      || | || ||   || | ||  ||| ||  |||||  || |         ||||| ||||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||  |||   |||||| |||||||||||||||||
---gtacaatttggatttaactttgtggctttgttccttt---aattccttacagctg-taatagttttctattgatttcggtt---------tcagCCATGATTCAGCAGCCTCGTATTCCTTCCTCTGGGTTGATGCCTGCAAGTGATGTTCTTATTCGTGCAAAGGAG

upper sequence: GRMZM2G030072_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA19G42180.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtagtaacgtgctaacttccgtacctgttttctttcccacgggaaatactcacttttgctcatcatttcctgctgattctggatcatactatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAGATGTTGTTATTCGTGCAAAGGAG
   |||  ||    | ||   |   ||  ||  ||||      || | || ||   || | ||  ||| ||  |||||          || | ||||| ||||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||  |||   |||||| |||||||||||||||||
---gtacagtttggatttaactttgtggctttgttccttt---aattccttacagatg-taatagttttctattgattt---------ctgtttcagCCATGATTCAGCAGCCTCGTATTCCTTCCTCTGGGTTGATGCCTGCAAGTGATGTTCTTATTCGTGCAAAGGAG

upper sequence: GRMZM2G030072_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G09130.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gtagtaacgtgctaacttccgtacctgttttctttcccacgggaaatactcacttttgctcatcatttcctgc--tgattctggatcatactatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAGATGTTGTTATTCGTGCAAAGGAG
        ||    |||||     |||  ||||  ||  |    |   |||||  ||| | ||||   |||    |   | ||  ||||  | |  |||| |||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||  ||    |||||  | ||||| || || |||
--------gtatagacttcga---ctgcattctggcc-gcttctatggctcaccattgataatcagaacctctcatacgtttgattcattatgtcacagCGATGATTCAGCAACCACGTGTACCTTCTTCTGGGTTGATGCCTGCCAGTGATGTCCTGATTCGGGCCAAAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32928536|gb|CF033348.1|CF033348
EST:     GCTTGCAGCTGGNNNNNNNGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAG                         CTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
genomic: GCTTGCAGCTGGAAAAAAAGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAGgtagtaacgt ... actatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
EST: gi|9794785|gb|BE553093.1|BE553093
EST:     GCTTGCAGCTGGNNNNNNNGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAG                         CTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
genomic: GCTTGCAGCTGGAAAAAAAGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAGgtagtaacgt ... actatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
EST: gi|8102628|gb|AW927429.1|AW927429
EST:     GCTTGCAGCTGGNNNNNNNGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAG                         CTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
genomic: GCTTGCAGCTGGAAAAAAAGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAGgtagtaacgt ... actatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
EST: gi|33103277|gb|CF063237.1|CF063237
EST:     GCTTGCAGCTGGNNNNNNNGGCAAACGTTATATGTTCCCCCATGCCAAAG                         CTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
genomic: GCTTGCAGCTGGAAAAAAAGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAGgtagtaacgt ... actatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
EST: gi|32929221|gb|CF034033.1|CF034033
EST:     GCTTGCAGCTGGAAAAAAGGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAG                         CTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
genomic: GCTTGCAGCTGGAAAAAAAGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAGgtagtaacgt ... actatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
EST: gi|50332076|gb|CO527202.1|CO527202
EST:     GCTTGCAGCTGGNNNNNNNGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAG                         CTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG
genomic: GCTTGCAGCTGGAAAAAAAGGCAAACGTTATATGTTCCCTCATGCCAAAGgtagtaacgt ... actatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaatactcacttttgctcatcatttcctgctgattctggatcatactatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAGATGTTGTTATTCGTGCAAAGGAG
                   atcattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtagtaacgtgctaacttccgtacctgttttctttcccacgggaaatactcacttttgctcatcatttcctgctgattctggatcatactatgtcagCTATGATTCAGCAACCACGTATTCCTTCTTATGGGATGATGCAAGCATCAGATGTTGTTATTCGTGCAAAGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG