1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttatttattagtaattgaacgaaattttgcacttcagctactgcgaatacatatacttcagcattttgtgaatttatgcttatggatttgtgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGGCCGAGACCGTAACGGTTCTGATATGAAGTGCTATGAGTGTGGTGAAGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G027105_T04 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGYTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|15188227|gb|BI417204.1|BI417204
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|149082345|gb|EE171527.2|EE171527
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|21331667|gb|BQ487048.1|BQ487048
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|22489522|gb|BU049445.1|BU049445
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|18384821|gb|BM418020.1|BM418020
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|71438201|gb|DR819251.1|DR819251
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|22489415|gb|BU049338.1|BU049338
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGNCTTTGATGNCCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|15177619|gb|BI398558.1|BI398558
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|18053132|gb|BM318790.1|BM318790
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|26456505|gb|CA828088.1|CA828088
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|20803218|gb|BQ294268.1|BQ294268
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: GTGAA-TGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|71449212|gb|DR830262.1|DR830262
genomic: GTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|17970002|gb|BM276770.1|BM276770
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|18384819|gb|BM418018.1|BM418018
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|87298765|gb|DY470768.1|DY470768
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|18053144|gb|BM318802.1|BM318802
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: CGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|71317875|gb|DR795704.1|DR795704
genomic: CGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|18384989|gb|BM418188.1|BM418188
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|15188220|gb|BI417197.1|BI417197
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|50333998|gb|CO529124.1|CO529124
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|18384820|gb|BM418019.1|BM418019
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|22489184|gb|BU049107.1|BU049107
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|71438000|gb|DR819050.1|DR819050
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|15313695|gb|BI478910.1|BI478910
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|18384999|gb|BM418198.1|BM418198
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGEST: gi|18383855|gb|BM417055.1|BM417055
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
EST: CGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATG GTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
genomic: CGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtacttaata ... tgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTG
aatacatatacttcagcattttgtgaatttatgcttatggatttgtgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGGCCGAGACCGTAACGGTTCTGATATGAAGTGCTATGAGTGTGGTGAAGC
attttgtgaatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttatttattagtaattgaacgaaattttgcacttcagctactgcgaatacatatacttcagcattttgtgaatttatgcttatggatttgtgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGGCCGAGACCGTAACGGTTCTGATATGAAGTGCTATGAGTGTGGTGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC