1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ggattgaaagaggagtcacatttatttttatctctgtattaatatgtattgtgactagaataccacctttatatctagtggcaactgttgcaatcttcagGTTATGCAATATGGACATCATCTCCAAGGTCCAACAGGTGATCTGCTTCGCGTTCCATGACAGCAAGCTGCTGATGGAAACATGCCAGGAGGCCAAGAAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G022090_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGATCGAGAAACCACAGCATGATCATTTGCCACTAATTGAGGCTAGCAG GTTATGCAATATGGACATCATCTCCAAGGTCCAACAGGTGATCTGCTTCGCEST: gi|149073422|gb|EE161727.2|EE161727
genomic: TTGATCGAGAAACCACAGCATGATCATTTGCCACTAATTGAGGCTAGCAGgtctgtgagc ... caatcttcagGTTATGCAATATGGACATCATCTCCAAGGTCCAACAGGTGATCTGCTTCGC
EST: TTGATCGAGAAACCACAGCATGATCATTTGCCACTAATTGAGGCTAGCAG GTTATGCAATATGGACATCATCTCCAAGGTCCAACAGGTGATCTGCTTCGC
genomic: TTGATCGAGAAACCACAGCATGATCATTTGCCACTAATTGAGGCTAGCAGgtctgtgagc ... caatcttcagGTTATGCAATATGGACATCATCTCCAAGGTCCAACAGGTGATCTGCTTCGC
gtattgtgactagaataccacctttatatctagtggcaactgttgcaatcttcagGTTATGCAATATGGACATCATCTCCAAGGTCCAACAGGTGATCTGCTTCGCGTTCCATGACAGCAAGCTGCTGATGGAAACATGCCAGGAGGCCAAGAAC
tcttc CT-rich tract
tttatatcta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggattgaaagaggagtcacatttatttttatctctgtattaatatgtattgtgactagaataccacctttatatctagtggcaactgttgcaatcttcagGTTATGCAATATGGACATCATCTCCAAGGTCCAACAGGTGATCTGCTTCGCGTTCCATGACAGCAAGCTGCTGATGGAAACATGCCAGGAGGCCAAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC