Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttatcacctttggtctgttcatcaactctacttctttgatagaagcactttggcattgtacattgtacagctaaggcttgtttgcattttgatgttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAATGTGCTCCGCAATTCATGTCCAGGGGCAGGTGCCTGTGGTGGTATGTACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G014069_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G014069_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g44530.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatgtttatcacctttggtctgttcatcaactctacttctttgatagaagcactttggcattgtacattgtacagctaaggcttgtttgcattttgatgttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAATGTGCTCCGCAATTCATGTCCAGGGGCAGGTGCCTGTGGTGGTATGTACA
                              ||||| ||||||   |   || |||||   ||    || | ||||||| |  |||  ||   |  || | |  | | |||||||||||||||| |||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||
----------------------------gtactctgcttcttatttgctagtactttctaatgtagcagtatacagcttattcttacttttgtcgtgttatgatgtacagTGCTATGGAGAATTTGTTACCGGATCAATCAGTGATGAGCAAAGAAAGAATGTGCTCCGCAACTCATGCCCAGGAGCAGGTGCGTGTGGTGGTATGTACA

upper sequence: GRMZM2G014069_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G27810.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgtttatcacctttggtctgttcatcaactctacttctttgatagaagcactttggcattgta-cattgtacagctaaggcttgtttgcattttgatgttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAATGTGCTCCGCAATTCATGTCCAGGGGCAGGTGCCTGTGGTGGTATGTACA
       ||| |  ||   |    | | |||    | ||   |  | | |    |  |  | || | |  |        | |  | ||||   | | | | |    || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| |||||| | |||||  | ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| |
-------tataaaattgttttcactgagcaaaataagttggat--ttgtactgttaagctaatgcaactctagttcatcatgtttcgtttatttctggttatcc--tgtagTGCTATGGAGAATATGTGAGTGGATCAATTAATGATGACCAAAGACAAAATGTTATTCGCAACTCATGCCCTGGGGCTGGAGCCTGTGGTGGAATGTATA

upper sequence: GRMZM2G014069_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G23940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-----------------------------------------------gtatgtttatcac-ctttggtctgttcatcaactctacttctttgatagaagcactttggca---ttg----tacattgtacagcta-----aggcttgtttgcattttgatgttttatg---cagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAATGTGCTCCGCAATTCATGTCCAGGGGCAGGTGCCTGTGGTGGTATGTACA
                                               || | ||||| |  |||   |  |||   ||| | |     |  | || |   |  ||||     |||     | |||||||   ||      || ||  |    ||||    |||| |    ||| | |||||||||| ||||||||| || || | |||||| || ||||||| ||| ||||   |||||||||| || || || ||||||||||| |||||||
gtatcttttcttctatctgctacgagcttggttataacaattttaatgtgtatttatgagacttcattgagttttccaattttgggattgagttacagaaatcttggtgactttggtgtcaaattgtaccagtacttgtgggattcatcatgttttccaattttgtatttcagAGTTATGGAGAATTTGTTAGTGGCTCCATAAGTGATGAACAGAGAAAGACTGTCCTCCATCATTCATGTCCTGGAGCTGGAGCCTGTGGTGGCATGTACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148991389|gb|EE032884.2|EE032884
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
EST: gi|74234929|gb|DT642843.1|DT642843
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAA
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAA
EST: gi|78088301|gb|DV516694.1|DV516694
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
EST: gi|149110704|gb|EE190563.2|EE190563
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
EST: gi|28568894|gb|CB280769.1|CB280769
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
EST: gi|71311153|gb|DR791883.1|DR791883
EST:     CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCTAG                         TGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT
genomic: CCTGGTCACTTTCAGGGCAATTCCTACGATATAGTTTCTGCTTTCCAGgtatgtttat ... ttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggcattgtacattgtacagctaaggcttgtttgcattttgatgttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAATGTGCTCCGCAATTCATGTCCAGGGGCAGGTGCCTGTGGTGGTATGTACA
                                     ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                    attttgatgttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtttatcacctttggtctgttcatcaactctacttctttgatagaagcactttggcattgtacattgtacagctaaggcttgtttgcattttgatgttttatgcagTGCTATGGAGAATATGTTAGTGGTTCAATCACTGATGAGCAAAGAAAGAATGTGCTCCGCAATTCATGTCCAGGGGCAGGTGCCTGTGGTGGTATGTACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG