1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ggactgatcagatgaatgagctaggtgtgttttgattgtttcactaatgcaccatctggtatgtctgaatctttaagaccaaattgaaatttgctttcagGTGGATAGGAAGTACAAACACTATTATCATCAGATGCAACTTGTAATGTCATCGTTTAATATGGTTGCTGGTGCTGGAGCTGCCAAGCCTTATACTGCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G011588_T03 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACAAGAGCTCCAGAATAAGRTGGCAAAACTTATGACTATGTTGGACGAG GTGGATAGGAAGTAC
genomic: AACAAGAGCTCCAGAATAAGATGGCAAAACTTATGACTATGTTGGACGAGgtgtgtgtgt ... ttgctttcagGTGGATAGGAAGTAC
aatgcaccatctggtatgtctgaatctttaagaccaaattgaaatttgctttcagGTGGATAGGAAGTACAAACACTATTATCATCAGATGCAACTTGTAATGTCATCGTTTAATATGGTTGCTGGTGCTGGAGCTGCCAAGCCTTATACTGCAG
cactaat putative branch site (score: 2)
tttgctttc putative PPT
aaattgaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggactgatcagatgaatgagctaggtgtgttttgattgtttcactaatgcaccatctggtatgtctgaatctttaagaccaaattgaaatttgctttcagGTGGATAGGAAGTACAAACACTATTATCATCAGATGCAACTTGTAATGTCATCGTTTAATATGGTTGCTGGTGCTGGAGCTGCCAAGCCTTATACTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - -atgaatg
- - - - - - - - - - - - -tgtgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caccatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgtctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaccaaa