Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gatggttcatatgcgattttcttctttctcttggagcttctgttatggcactgcaatcttatggttattgacatatttgtttctttatattcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACAGAAATCGATACTAAAACATCGATTAAGGATCTTACTATCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G011364_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149014922|gb|EE044651.2|EE044651
EST:     TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAA                         GATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
genomic: TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAAgtaagttaat ... tcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
EST: gi|149096646|gb|EE182411.2|EE182411
EST:     TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAA                         GATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
genomic: TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAAgtaagttaat ... tcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
EST: gi|78081364|gb|DV509776.1|DV509776
EST:     TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAA                         GATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
genomic: TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAAgtaagttaat ... tcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
EST: gi|149070573|gb|EE158979.2|EE158979
EST:     TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAA                         GATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
genomic: TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAAgtaagttaat ... tcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
EST: gi|74244209|gb|DT652123.1|DT652123
EST:     TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAA                         GATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
genomic: TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAAgtaagttaat ... tcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
EST: gi|93284045|gb|EB676309.1|EB676309
EST:     TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAA                         GATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
genomic: TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAAgtaagttaat ... tcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
EST: gi|76929908|gb|DV172213.1|DV172213
EST:     TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAA                         GATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
genomic: TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAAgtaagttaat ... tcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
EST: gi|148965898|gb|EE016799.2|EE016799
EST:     TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAA                         GATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
genomic: TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAAgtaagttaat ... tcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
EST: gi|78083929|gb|DV512322.1|DV512322
EST:     TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAA                         GATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA
genomic: TGGCCGTATCCTTCAGTGGAGAAGGTTCAATACTTGCTATTGGTGGTGAAgtaagttaat ... tcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggcactgcaatcttatggttattgacatatttgtttctttatattcctttgtagGATGGGTATTTAAGAGTTTTCAACTGGCCTACCATGGGGTCTGTTCTCACAGAAATCGATACTAAAACATCGATTAAGGATCTTACTATCAG
                    tattgac  putative branch site (score: 2)
                              tttgtttctttatatt  putative PPT
                   ttattgacatatttgt  TA-rich tract