1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gcaagtgtgtcaaacaataaggcattttcttttgtcgttaccctgtaggagtttattaatctcagtgcgtgcttctttccctcccacagGTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAACAAGGCGCTATCAGAGTACAAGCAAGAAGTGGAGGCTCAGGCTTTCCCTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G010596_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTGTACCATGACTTGTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAG GTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAACEST: gi|78074144|gb|DV502578.1|DV502578
genomic: TGGTGTACCATGACTTGTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAGgcaagtgtgt ... cctcccacagGTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAAC
EST: GACTTGTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAG GTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAACEST: gi|78074143|gb|DV502577.1|DV502577
genomic: GACTTGTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAGgcaagtgtgt ... cctcccacagGTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAAC
EST: GACTTGTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAG GTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAACEST: gi|89252520|gb|DY624306.1|DY624306
genomic: GACTTGTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAGgcaagtgtgt ... cctcccacagGTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAAC
EST: GGGTGTACCATGACTTTTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAG GTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGGGATGTCATCAACEST: gi|91049382|gb|EB159800.1|EB159800
genomic: TGGTGTACCATGACTTGTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAGgcaagtgtgt ... cctcccacagGTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAAC
EST: TGGTGTACCATGACTTGTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAG GTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAACEST: gi|32932859|gb|CF037671.1|CF037671
genomic: TGGTGTACCATGACTTGTTAGGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAGgcaagtgtgt ... cctcccacagGTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAAC
EST: GGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAG GTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAAC
genomic: GGGATGCTGCAACACCCACATCATGCCAAGgcaagtgtgt ... cctcccacagGTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAAC
tcgttaccctgtaggagtttattaatctcagtgcgtgcttctttccctcccacagGTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAACAAGGCGCTATCAGAGTACAAGCAAGAAGTGGAGGCTCAGGCTTTCCCTG
tattaat putative branch site (score: 2)
cgtgcttctttccctc putative PPT
agtttattaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcaagtgtgtcaaacaataaggcattttcttttgtcgttaccctgtaggagtttattaatctcagtgcgtgcttctttccctcccacagGTCACACCAAAATTCTGTAAACAATTTGGTAACGTGGGCGATGTCATCAACAAGGCGCTATCAGAGTACAAGCAAGAAGTGGAGGCTCAGGCTTTCCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG