Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtttacacgtcccagatgatcagagaatacttagaagtatagaaatcaaaatatgtcacacataacataatggtgcgtcatatattcattcacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G007915_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G007915_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g16540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-gtttacacgtcccagatg-atcagagaatacttagaagtatagaaatcaaaatatgtcacacataacataatggtgcgtcatatattcattcacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG
| | | | || | || ||| | | | || || | | ||| | | || |||| | |||| | | || |||||||| ||||||||| |||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||||
tgatgcccaaacagaggtatattgttattcactatgtactgtaccaaactcagtatattcagtgcagtgctatagtgc-taatatgtaattgca-attgcagAGTATGACTCAGATGACAAGCCAATCCCTGAGACGCTTAAACCTATGGTCGATGGTGGGACTGAAGGTTTCAAAGGTCATGCTAGAGTCATCATACCTGG

upper sequence: GRMZM2G007915_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0020g02820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtttacacgtcccagatgatcagagaatacttag-aagtatagaaatcaaaata-tgtcacacataacataatggtgcgtcatatattcattcacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG
| || | || ||| | | ||| |||| | || | || || | || | | || | || | | | || | | ||| ||| ||||| || ||| || ||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || || || || || || ||
gcttttgagaatcaaatgtgtgtcattttcatagtgagtagatttttctacattctgcctcatcttatctagtcgt-ctcattgtgtttttggaaatt-tagAGTATGATTCTGATGATAAACCACTGGAAGAAACAATTAAACCTATGGTGGATGGTGGAACTGAAGGCTTCAAGGGTCATGCCAGGGTTATCATTCCAGG

upper sequence: GRMZM2G007915_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ23801 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gtttacacgtcccagatgatcagagaatacttagaagtatagaaatcaaaatatgtcacacataacataatggtgcgtcatatattcattcacattgca--gATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG
|||| | || | | | | | | | |||| | | | ||| || || || | || | | | | || | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || |||| || | || ||
---------------------------------------------gtaaaacttcgtgtttattgtttcaggtcgtgacttttatttctacttttcgcacagAGTACAACGAAGATGGCGAGCTCGACATGTCAACTATCAAACCAATGGTTGATGGTGGAACGGAGGGCTTCAAGGGCCATGCCCGAGTGATACTGCCGGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148940271|gb|EC885047.2|EC885047
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|211126341|gb|FL147240.1|FL147240
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAC
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|76917087|gb|DV166673.1|DV166673
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|71431174|gb|DR812224.1|DR812224
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|149099069|gb|EE185089.2|EE185089
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|78116520|gb|DV534907.1|DV534907
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|211127270|gb|FL147257.1|FL147257
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGA
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGA
EST: gi|71439588|gb|DR820638.1|DR820638
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|78080951|gb|DV509363.1|DV509363
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|78084926|gb|DV513319.1|DV513319
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|71440225|gb|DR821275.1|DR821275
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|76287587|gb|DV027155.1|DV027155
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|78124196|gb|DV542580.1|DV542580
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTAT
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTAT
EST: gi|148931543|gb|EC874605.2|EC874605
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|148942975|gb|EC888022.2|EC888022
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCCACTCCA-GAGACGGTTAACCCTATGGTA
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCC-ACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTA
EST: gi|211127278|gb|FL147265.1|FL147265
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|71419962|gb|DR804958.1|DR804958
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|148931538|gb|EC874596.2|EC874596
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
EST: gi|71311094|gb|DR791861.1|DR791861
EST:     TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAG                         ATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG
genomic: TTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 42 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 107

AAAGAGATAGAGTTCTACAGTCAGTTCCACATAATTGTCCTAGGTCTGGATTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG


Block sizes: 47 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 70

AAAGAGATAGAGTTCTACAGTCAGTTCCACATAATTGTCCTAGGTCTGGATTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 77

AAAGAGATAGAGTTCTACAGTCAGTTCCACATAATTGTCCTAGGTCTGGATTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 86

AAAGAGATAGAGTTCTACAGTCAGTTCCACATAATTGTCCTAGGTCTGGATTCAATTGAAGCTCGAAGCTACATCAATTCTGTGGCTTGTGGTTTCTTAGgtatgctttt ... cacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaaaatatgtcacacataacataatggtgcgtcatatattcattcacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG
              acataac  putative branch site (score: 86)
 ttcattc  putative PPT
 atatattcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttacacgtcccagatgatcagagaatacttagaagtatagaaatcaaaatatgtcacacataacataatggtgcgtcatatattcattcacattgcagATTATGACTCAAGTGACAATCCACTCCAAGAGACGGTTAAACCTATGGTAGATGGTGGAACTGAGGGCTTCAAGGGACACGCTAGAGTCATTATACCTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atggtgc