1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtatgcaacttttatcttaccatcccctcgtctcgttactttatgtttgagtcatttgttattgacaatgccatttgtttttcataatgcataattttaactgttgtataattgtattgtcgctgaattatgcatgacaatcagtaaacttatgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G006781_T03 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTEST: gi|148939698|gb|EC884368.2|EC884368
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTEST: gi|148963434|gb|EE014450.2|EE014450
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTEST: gi|4730483|gb|AI649649.1|AI649649
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTEST: gi|211334830|gb|FL416303.1|FL416303
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTEST: gi|71316958|gb|DR795163.1|DR795163
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACEST: gi|71305530|gb|DR788908.1|DR788908
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGAC
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTEST: gi|86469576|gb|DY235946.1|DY235946
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAAAAGCTTTTGTEST: gi|211082178|gb|FL396889.1|FL396889
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTEST: gi|71449856|gb|DR830906.1|DR830906
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTEST: gi|148999331|gb|EE036267.2|EE036267
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTEST: gi|148979834|gb|EE026851.2|EE026851
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
tataattgtattgtcgctgaattatgcatgacaatcagtaaacttatgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA
taaacttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcaacttttatcttaccatcccctcgtctcgttactttatgtttgagtcatttgttattgacaatgccatttgtttttcataatgcataattttaactgttgtataattgtattgtcgctgaattatgcatgacaatcagtaaacttatgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG