Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcaacttttatcttaccatcccctcgtctcgttactttatgtttgagtcatttgttattgacaatgccatttgtttttcataatgcataattttaactgttgtataattgtattgtcgctgaattatgcatgacaatcagtaaacttatgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G006781_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G006781_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g35290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---------------gtatgcaactttt----atcttaccatcccctcgtctcgtt--actttatgtttgagtcattt-gttattgacaatgccatttgtttttcataatgcata---atttt--------aactgttgtataatt-gtattgtcgctgaattatgca---tgacaatcagtaaact-tatgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA
                | |  || || |      | | |  ||  || || | |||  |  || |   |  |   ||| ||| | ||   | |  |   || |  ||  | || |   |||||        ||   | || | ||| |||   | |  |||| ||| |   | ||| | |  || ||  |||||   || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |  ||||||||||||||
gtatgtgccatttttttttataatttcttaaagaccttcagtcatcttgtgttgtttgatgttgttgatatgctgtttagttctcgattcttctctaatttctgtatgctacagatccattttgttcagtaaaacatggtttgatttgtacaattgacgaatcatgaagaattacatttaacaatctacatgctcacagATGTATACGAAATGGGAACTATGATGAGGCACTTGACCTGGAAGCCTTTGTTAGTAAAATATCAAAGTTGCACCCTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149008084|gb|EE040323.2|EE040323
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|148939698|gb|EC884368.2|EC884368
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|148979834|gb|EE026851.2|EE026851
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|4730483|gb|AI649649.1|AI649649
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|71305530|gb|DR788908.1|DR788908
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|211334830|gb|FL416303.1|FL416303
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|71316958|gb|DR795163.1|DR795163
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGAC
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGAC
EST: gi|86469576|gb|DY235946.1|DY235946
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAAAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|148963434|gb|EE014450.2|EE014450
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|148999331|gb|EE036267.2|EE036267
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|211082178|gb|FL396889.1|FL396889
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
EST: gi|71449856|gb|DR830906.1|DR830906
EST:     AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACAC                         GTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT
genomic: AACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 44 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 73

CCGCACAACAAATTTTGGAGGAGAGGAAGCTTAATCAAACATTACTAGCCAACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA


Block sizes: 40 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 42

CCGCACAACAAATTTTGGAGGAGAGGAAGCTTAATCAAACATTACTAGCCAACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA


Block sizes: 45 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 40

CCGCACAACAAATTTTGGAGGAGAGGAAGCTTAATCAAACATTACTAGCCAACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 75

CCGCACAACAAATTTTGGAGGAGAGGAAGCTTAATCAAACATTACTAGCCAACCACACTACATTGCTTGACTTGCTTGAAATTCCACAATTGATGGACACgtatgcaact ... atgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tataattgtattgtcgctgaattatgcatgacaatcagtaaacttatgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA
                                      taaacttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcaacttttatcttaccatcccctcgtctcgttactttatgtttgagtcatttgttattgacaatgccatttgtttttcataatgcataattttaactgttgtataattgtattgtcgctgaattatgcatgacaatcagtaaacttatgcttgtagGTGTATACGGAATGGGAACTATGATGAAGCACTTGACCTAGAAGCTTTTGTGAGCAAAATCTGGAAGTTGCACCCTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG