Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgaatagtcgaacctacagattatatccaattctcagttaaaaaactccttcctgttcctagcattgttgctcttgctaattgatgtcgcatgctttagGTGAGCTGGGAATTGGACAGAAGACTAAGAAGCCCTTATGTTACAAGGGAACATTGTTCCACCGCGTGATCAAGGGGTTTATGGCACAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G006107_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G006107_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g10970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-gtgaatagtcgaacctacagattatatccaattctcagttaaaaaactccttcctgttcctagcattgttgctcttgctaattgatgtcgcatgctttagGTGAGCTGGGAATTGGACAGAAGACTAAGAAGCCCTTATGTTACAAGGGAACATTGTTCCACCGCGTGATCAAGGGGTTTATGGCACAA
  | || |  | |   ||  || ||        | | ||       || |   | | ||  |  || ||||||||||||||||| | || |    ||  ||||||| ||||||||||||| |   |||||||||| ||||  || |||||| || | |||||||| || ||||||||||| |||||||||
attcaagaagc-actttagggactagccttttatttaagaagtcccaccctcccttatttgtgacactgttgctcttgctaattaaggttgtcatctccagGTGAGATGGGAATTGGACAAACATCTAAGAAGCCATTATACTATAAGGGATCACTCTTCCACCGTGTAATCAAGGGGTTCATGGCACAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211315858|gb|FL198272.1|FL198272
EST:     TGCTGATGTTGCACCCCTTACAACTGAGAACTTCAGAGCTTTATGCACAG                         GTGAGCTGGGAATTGGACAGAAGACTAAGAAGCCCTTATGTTACAAGGGAA
genomic: TGCTGATGTTGCACCCCTTACAACTGAGAACTTCAGAGCTTTATGCACAGgtaatcctct ... catgctttagGTGAGCTGGGAATTGGACAGAAGACTAAGAAGCCCTTATGTTACAAGGGAA
EST: gi|94479119|gb|EB708077.1|EB708077
EST:     TGCTGATGTTGCACCCCTTACAACTGAGAACTTCAGAGCTTTATGCACAG                         GTGAGCTGGGAATTGGACAGAAGACTAAGAAGCCCTTATGTTACAAGGGAA
genomic: TGCTGATGTTGCACCCCTTACAACTGAGAACTTCAGAGCTTTATGCACAGgtaatcctct ... catgctttagGTGAGCTGGGAATTGGACAGAAGACTAAGAAGCCCTTATGTTACAAGGGAA
EST: gi|33467794|gb|CF244843.1|CF244843
EST:     TGCTGATGTTGCACCCCTTACAACTGAGAACTTCAGAGCTTTATGCACAG                         GTGAGCTGGGAATTGGACAGAAGACTAAGAAGCCCTTATGTTACAAGGGAA
genomic: TGCTGATGTTGCACCCCTTACAACTGAGAACTTCAGAGCTTTATGCACAGgtaatcctct ... catgctttagGTGAGCTGGGAATTGGACAGAAGACTAAGAAGCCCTTATGTTACAAGGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actccttcctgttcctagcattgttgctcttgctaattgatgtcgcatgctttagGTGAGCTGGGAATTGGACAGAAGACTAAGAAGCCCTTATGTTACAAGGGAACATTGTTCCACCGCGTGATCAAGGGGTTTATGGCACAA
                                 taattgat  TA-rich tract