Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttgtttgtcatgttagtcttagataaaacctttagtccttaagagtacatactagatgttctctgatctgactgagtactgcattctttttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G003385_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
tttgtttgtcatgttagtcttagataaaacctttagtccttaagag-tacatactagat-gttctctgatctgactgagtactgcatt-ctttttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT
            || ||   | | | |    |       ||  ||  || |   | |||   |||      |   |||  |  |  || | || |  || ||||||||||||||| || |  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| || ||||||
------------gtaagctgttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT

upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G45120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-tttgtttgtcatgttagtcttagataaaacctttagtccttaagagtacatactagatgttctctgatctgactgagt-actgcattctttttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT
     || |  ||| ||    |||   | |  | |     |||| | ||   |    ||||    ||||  |  |   |   |   |  || ||   | ||||||||||||||| || |  ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||| || ||||| ||||| || |||| |||||||||||| ||  | || || 
ccccattagctatgcta--tatagtctatatttcttagttttaaaattattcatagcatgtgtgatgattgggatatcttggtttgtgattgttcattttagTGCTAAGCTTGTCGACCTTGCTCTAGCCTCTGGAAAAATTTTTGAAGGAGAAGGTTTCAAGTACATAAAGGAATGTTTTGAAAATGGCACATTGCATCTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211019714|gb|FL393633.1|FL393633
EST:     AGTGAATTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211278872|gb|FL399990.1|FL399990
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211313367|gb|FL401426.1|FL401426
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTHGHCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGG
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGG
EST: gi|211219836|gb|FL409202.1|FL409202
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211099729|gb|FL381202.1|FL381202
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAA-GATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211210131|gb|FL414761.1|FL414761
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211121710|gb|FL408176.1|FL408176
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|9733501|gb|BE512133.1|BE512133
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211199735|gb|FL411304.1|FL411304
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211488053|gb|FL402002.1|FL402002
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211351025|gb|FL403666.1|FL403666
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211440955|gb|FL371600.1|FL371600
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGC-TCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211234219|gb|FL407548.1|FL407548
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211215516|gb|FL427991.1|FL427991
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|78085788|gb|DV514181.1|DV514181
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|67022870|gb|CO451619.1|CO451619
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211157888|gb|FL375852.1|FL375852
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTS-TGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211027667|gb|FL415081.1|FL415081
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211155260|gb|FL415189.1|FL415189
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|76021242|gb|DT948412.1|DT948412
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211502486|gb|FL420285.1|FL420285
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTSCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211379258|gb|FL380070.1|FL380070
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211231748|gb|FL386170.1|FL386170
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211146070|gb|FL408651.1|FL408651
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|33101993|gb|CF061953.1|CF061953
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211490641|gb|FL393008.1|FL393008
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211311836|gb|FL427597.1|FL427597
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211444064|gb|FL415892.1|FL415892
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATT-ATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211236397|gb|FL403469.1|FL403469
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211397434|gb|FL369350.1|FL369350
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211298567|gb|FL375549.1|FL375549
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTS-TGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211392275|gb|FL373437.1|FL373437
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211445807|gb|FL398454.1|FL398454
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211166531|gb|FL421331.1|FL421331
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211219895|gb|FL414355.1|FL414355
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211106346|gb|FL370787.1|FL370787
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211005730|gb|FL388917.1|FL388917
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211513447|gb|FL380257.1|FL380257
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211485158|gb|FL401978.1|FL401978
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATT-ATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|9742843|gb|BE518991.1|BE518991
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|31611945|gb|CD568567.1|CD568567
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211256764|gb|FL400904.1|FL400904
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211527387|gb|FL402925.1|FL402925
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211324178|gb|FL424990.1|FL424990
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211288434|gb|FL410131.1|FL410131
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 436

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 892

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 803

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 748

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtacatactagatgttctctgatctgactgagtactgcattctttttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT
                     atctgac  putative branch site (score: 748)
                                     cattctttttgtct  putative PPT
                                      attcttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttgtttgtcatgttagtcttagataaaacctttagtccttaagagtacatactagatgttctctgatctgactgagtactgcattctttttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- tgtttgt
- - - - -catgtta
- - - - - - - - - - - gataaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcattc