1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtatgatactctggactccagtactcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGACAAAGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G001887_T03 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|18385240|gb|BM418439.1|BM418439
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|18172412|gb|BM347800.1|BM347800
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|60394804|gb|DN227674.1|DN227674
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCTTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|60339434|gb|DN206407.1|DN206407
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|22819814|gb|BU499904.1|BU499904
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|78087437|gb|DV515830.1|DV515830
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|32931902|gb|CF036714.1|CF036714
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|60346649|gb|DN213622.1|DN213622
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|211138546|gb|FL389992.1|FL389992
genomic: GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: CTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|166638667|gb|EG138950.1|EG138950
genomic: CTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTACAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|60340677|gb|DN207650.1|DN207650
genomic: GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATT-CAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|16925652|gb|BM078720.1|BM078720
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|27522108|gb|CA989214.1|CA989214
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|21760021|gb|BQ635562.1|BQ635562
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|71427873|gb|DR808923.1|DR808923
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|211207058|gb|FL397903.1|FL397903
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|60401056|gb|DN233863.1|DN233863
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|18177681|gb|BM378891.1|BM378891
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|18165115|gb|BM334954.1|BM334954
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|211381842|gb|FL377370.1|FL377370
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|60342382|gb|DN209355.1|DN209355
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|6918526|gb|AW400056.1|AW400056
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGNTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|47962818|gb|CN845527.1|CN845527
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|29130307|gb|CB381011.1|CB381011
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: AACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|7031231|gb|AW461119.1|AW461119
genomic: AACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|45567234|gb|CK985471.1|CK985471
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|60400933|gb|DN233740.1|DN233740
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|149014130|gb|EE043671.2|EE043671
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|14243944|gb|BG841641.2|BG841641
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|78119546|gb|DV537930.1|DV537930
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|211443775|gb|FL403728.1|FL403728
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GTCAACATCTCTT-ATGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|9794276|gb|BE552584.1|BE552584
genomic: GTCAACATCT-TTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|211269426|gb|FK963247.1|FK963247
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|9794715|gb|BE553023.1|BE553023
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|21843331|gb|BQ703912.1|BQ703912
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|149017495|gb|EE045693.2|EE045693
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|74235700|gb|DT643614.1|DT643614
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|83278322|gb|DV942330.1|DV942330
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|78084435|gb|DV512828.1|DV512828
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|148956153|gb|EC901928.2|EC901928
genomic: GTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGGTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGAEST: gi|16925877|gb|BM078945.1|BM078945
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
EST: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAG TGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
genomic: GGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatact ... tcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGA
caacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGACAAAGA
ttctaaa putative branch site (score: 2)
ttcccctcc putative PPT
tacttcacttatttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgatactctggactccagtactcaacaagattagtacttcacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccagTGCAAGCGTCAATTGGTGCTAATACATGGGTGGTCAGTGGAACTCCACAGACAAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA