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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttccttaatatttagatatattccacttgcagacctgcttcttggtacattttttgtctgtctctgctactactaacataatgtaacctattttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCCGCCCAACCTGTACAGAATATACAATATTTATGAATTCTGAAAATTTATC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G001272_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G001272_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g06630.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
------ttccttaatatttagatatattccacttgcagacctgcttcttggtacattttttgtctgtctctgctactactaacataatgtaacctattttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCCGCCCAACCTGTACAGAATATACAATATTTATGAATTCTGAAAATTTATC
       |  ||  |   |  |||||| || |   |   | | ||| ||     | ||| ||| | | | ||||     | ||||  ||||||  || |  |  ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||  |||||| |   ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  |||
tgtgagctaatttcttactgcatatatccctcccaccagcatacttttt----tagtttctgt-tatatttgctgac-ttcacatgttgtaacacatctcatgtagCTGTGCTCGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTTTTATCGGCGAAAAGATACTCCCGTGCAACCTGTACAGAATATACAATATTTATGAGTGCTGACAATACATC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32845252|gb|CD984933.1|CD984933
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|32845238|gb|CD984919.1|CD984919
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|32845629|gb|CD985310.1|CD985310
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|50335303|gb|CO530429.1|CO530429
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|149077539|gb|EE166236.2|EE166236
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|148955113|gb|EC900627.2|EC900627
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|33098000|gb|CF057960.1|CF057960
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTTCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|93014712|gb|EB640232.1|EB640232
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|148965634|gb|EE016482.2|EE016482
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|149111854|gb|EE191009.2|EE191009
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|211530040|gb|FL043874.1|FL043874
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTC
EST: gi|149029779|gb|EE286269.2|EE286269
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|149044467|gb|EE047589.2|EE047589
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|211530043|gb|FL043877.1|FL043877
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGGCGAAACGGAACCT
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTT-GTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTG-CGAAACGGA-CCT
EST: gi|149101708|gb|EE187845.2|EE187845
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|149074592|gb|EE162995.2|EE162995
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|86468999|gb|DY235369.1|DY235369
EST:     AGGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGGGGCAAGTTCCTCCTATGTGCAAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|78085094|gb|DV513487.1|DV513487
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|149076331|gb|EE164946.2|EE164946
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTG
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTG
EST: gi|32845394|gb|CD985075.1|CD985075
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|148945477|gb|EC890712.2|EC890712
EST:     AAGGGATAAATCTACTCCAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTNNN
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|50333305|gb|CO528431.1|CO528431
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|148940279|gb|EC885058.2|EC885058
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|32845562|gb|CD985243.1|CD985243
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
EST: gi|149014539|gb|EE044173.2|EE044173
EST:     AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAG                         CTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC
genomic: AAGGGATAAATCTACTCAAACCTACTACTTGTATCTGTGCCTTAGCACAGgtaagccctt ... ttttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacattttttgtctgtctctgctactactaacataatgtaacctattttctacagCTGTGCTTGTTGAAAGTGGCAAGTTCCTCCTATGTGCGAAACGGACCTCCCGCCCAACCTGTACAGAATATACAATATTTATGAATTCTGAAAATTTATC
                                         cctattttct  CT-rich tract
                            taacataat  TA-rich tract