Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggactgttaacattaaatgttcactttgtcttgtgcaactgttttttttttacttttgcatatgcacactatagccttttataatctaattagggctcaatacaattggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATATTGGACAAGGAGAAGTTGTGGACCGTCTATGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000280_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G000280_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g49320.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaaggactg--ttaacattaaatgttcactttgtcttgtgcaactgttttttttttacttttgcatatgcacactatagccttttataatctaattagggctcaatacaattggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATATTGGACAAGGAGAAGTTGTGGACCGTCTATGGAG
||||| ||     |   ||||||| |  |       |||  |   |  |  | |  |     | |  ||    | ||||  |  | ||||   | |    ||| |    ||||| | || ||||||||||||||||   || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||||
gtaagaacgaaagtgtaattaaatttgtatgcaccattgaac--ttaatgctctaatgtagctcctcattttaattatatgcact-ataactcagtgcttgcttacctaaattgcatttgtagGTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATATTGGACAAGGAGAGATCGTGGACCATCTATGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13126680|gb|BG317250.1|BG317250
EST:     AATGTGATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTG                         GTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
genomic: AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
EST: gi|13126223|gb|BG316793.1|BG316793
EST:     AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTG                         GTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
genomic: AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
EST: gi|71445869|gb|DR826919.1|DR826919
EST:     AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTG                         GTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
genomic: AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
EST: gi|149049808|gb|EE048492.2|EE048492
EST:     AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTG                         GTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
genomic: AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
EST: gi|71320425|gb|DR796956.1|DR796956
EST:     AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTG                         GTATGGTTATGTTGTCCCC
genomic: AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCC
EST: gi|50334354|gb|CO529480.1|CO529480
EST:     AATGCCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTG                         GTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
genomic: AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
EST: gi|60400872|gb|DN233679.1|DN233679
EST:     AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGATGGGTCATTG                         GTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT
genomic: AATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 103

AGGTGGCTGTCAGTGCATGCTCACACGTGGGAGGTCATAAGTATGCAGGAAATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATATTGGACAAGGAGAAGTTGTGGACCGTCTATGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 69

AGGTGGCTGTCAGTGCATGCTCACACGTGGGAGGTCATAAGTATGCAGGAAATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATATTGGACAAGGAGAAGTTGTGGACCGTCTATGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 72

AGGTGGCTGTCAGTGCATGCTCACACGTGGGAGGTCATAAGTATGCAGGAAATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATATTGGACAAGGAGAAGTTGTGGACCGTCTATGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 105

AGGTGGCTGTCAGTGCATGCTCACACGTGGGAGGTCATAAGTATGCAGGAAATGTCATCATTTTCAGTTCTGATGCCAAGGGAGAAGTGGTTGGTCATTGgtaaggactg ... ggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATATTGGACAAGGAGAAGTTGTGGACCGTCTATGGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcacactatagccttttataatctaattagggctcaatacaattggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATATTGGACAAGGAGAAGTTGTGGACCGTCTATGGAG
                     atctaat  putative branch site (score: 105)
              ttttataatctaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaggactgttaacattaaatgttcactttgtcttgtgcaactgttttttttttacttttgcatatgcacactatagccttttataatctaattagggctcaatacaattggaattatagGTATGGTTATGTTGTCCCCGACGATGTGCCTGTTTTGCTGCATAAACATATTGGACAAGGAGAAGTTGTGGACCGTCTATGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT