ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtaatttattttgctgcaactatttttataatgcctttttacagatatttctgtagagctcaattttgttatgcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACATGTAATTACAAATGGGCCTGTCACAGGAAGGGCTGGTGATGTGCTTGCT

Basic information

species	Zea mays
transcript	AC233895.1_FGT001
intron #	3
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: AC233895.1_FGT001 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g28280.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4

gtaatttattttgctgcaactatttttataatgcctttttacagatatttctgtagagctcaattttgttatgcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACATGTAATTACAAATGGGCCTGTCACAGGAAGGGCTGGTGATGTGCTTGCT
      |||| |||||     |  |||  ||    || |||    || ||            ||| | || |  |||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||     ||||  | ||||| || |  || |  ||||| ||||||
-----gtattgtgctgttctgaccttttcaacttgttctta-gtctactttgagccttaatgattctattttcatttgacagTGATATGGGATGTCATATTGATGGTTTTATTGCCGTGGTGGCTCATACACATGTTATCCATGATGGAGCAGTCACTGGGAAAGCAGCAGATGTTCTTGCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|32932980|gb|CF037792.1|CF037792

EST:     CCGCTTGCCACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAACGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|31351014|gb|CD435371.1|CD435371

EST:     CCGCTTGCCACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAACGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|22549146|gb|BU101347.1|BU101347

EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|32931969|gb|CF036781.1|CF036781

EST:     GACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: GACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|87155627|gb|DY400416.1|DY400416

EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|22819488|gb|BU499578.1|BU499578

EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|87157252|gb|DY402041.1|DY402041

EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|32838111|gb|CD977789.1|CD977789

EST:     CCGCTTGCCACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAACGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|26559653|gb|CA831888.1|CA831888

EST:     GCTTGCAACCGGATGGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: GCTTGCAACC-GAT-GATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|22473335|gb|BU037815.1|BU037815

EST:     CCGC-TGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

EST: gi|111990961|gb|EE332393.1|EE332393

EST:     AAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGATNGGCACATACAC
genomic: AAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGT-GGCACATACAC

EST: gi|26559180|gb|CA831415.1|CA831415

EST:     CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAAT                         TGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA
genomic: CCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACA

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 256

TTGCTTTCCCAACCTGTGTATCCGTCAATGACACAGTTTGCCACTTCTCACCGCTTGCAACCGATGATGCCGTTCTGGAAGAAAATGACATGGTTAAAATgtaatttatt ... gcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACATGTAATTACAAATGGGCCTGTCACAGGAAGGGCTGGTGATGTGCTTGCT

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 244

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 208

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 207

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataatgcctttttacagatatttctgtagagctcaattttgttatgcttttgcagTGATATGGGCTGTCATATTGATGGCTTTATTGCTGTGGTGGCACATACACATGTAATTACAAATGGGCCTGTCACAGGAAGGGCTGGTGATGTGCTTGCT