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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctttgtaactattttaacaaatacttttttcttaatctgaatggaaacacatcaaaattaatcttctgagaaagtgagaattggttttcctatttccagAGGCACAAGGTGGGCAGTAGAAAAAATAATCTCGAGAGCTGGTTTTCTAATATGTCTCTTCCATTCAATGCCTATGCTCGCTGCACCTCGGTTATTAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G013283_T02
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32794237|gb|CD946473.1|CD946473
EST:     GATCTTCCTAAAGATACTCTG                         AGGCACAAGGTGGGGAGTAGAAAAAATAATCTCGAGAGCTGGTTTTCTAAT
genomic: GATCTTCCTAAAGATACTCTGgtatgtctgt ... ctatttccagAGGCACAAGGTGGGCAGTAGAAAAAATAATCTCGAGAGCTGGTTTTCTAAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaacacatcaaaattaatcttctgagaaagtgagaattggttttcctatttccagAGGCACAAGGTGGGCAGTAGAAAAAATAATCTCGAGAGCTGGTTTTCTAATATGTCTCTTCCATTCAATGCCTATGCTCGCTGCACCTCGGTTATTAAG
           aattaat  putative branch site (score: 3)
                                        ttttcctatttcc  putative PPT
      atcaaaattaatctt  TA-rich tract