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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgctattcagtaactgttaacgttcaatcattctgatattaatagcgtattcttttatatagctaaaactataccgaatatttgtgttgttgtcaacagCAAGTTCAGAACTTTGGAGAACCTTTTTTTATGGTTATTCGTGAGGATGAGACCCTATCTTCTATCAAAGAGCGTATACAGAGAAAGCTTAAGGTTCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G018508_T03
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G018508_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 25
lower sequence: LOC_Os07g06950.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 29
ctgctattcagtaactgttaacg---ttcaatcattctgatattaatagcgtattcttttatatagctaaaactataccgaatatttgtgttgttgtcaacagCAAGTTCAGAACTTTGGAGAACCTTTTTTTATGGTTATTCGTGAGGATGAGACCCTATCTTCTATCAAAGAGCGTATACAGAGAAAGCTTAAGGTTCCAG
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-gggaacacaata-ttgttagccaattttagcagttctgcatctaacagcatacttctatatctagtaaaacttatgctga-tatttatcctgatttctacagCAAGTTCAGAACTTTGGAGAACCTTTCTTTATGGTTATTCGTGAGGATGAAACCCTTTCTTCTATTAAAGAACGGATACAGAAAAAACTAAAAGTTCCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcgtattcttttatatagctaaaactataccgaatatttgtgttgttgtcaacagCAAGTTCAGAACTTTGGAGAACCTTTTTTTATGGTTATTCGTGAGGATGAGACCCTATCTTCTATCAAAGAGCGTATACAGAGAAAGCTTAAGGTTCCAG
                agctaaa  putative branch site (score: 3)
        ttttatatagctaaaa  TA-rich tract