Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgattttcgttatttttgccacacgtgcttgcttatatgtatgtatcgcttctcattcagtgttcttgcagaactgataaaatcgatcatcgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTTGATGCAGAGGATGATGGAGTAGAAGAAAGTCAGGATGAAGCTGTTGAGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G124886_T02
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G124886_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 23
lower sequence: LOC_Os02g11840.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
tgattttcgttatttttgccacacgtgcttgcttatatgtatgtatcgcttctcattcagtgttc---ttgcagaactgataaaatcgatcatcgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTTGATGCAGAGGATGATGGAGTAGAAGAAAGTCAGGATGAAGCTGTTGAGG
||||  |  ||    |     | | |  ||   | |   | | |||    | |  ||||   ||    ||| |  | |  ||| ||| ||| |  | || |||| |||||| ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || | ||||||       ||  ||   |     |     |   
tgatcattatttcaataaaatcgcatcttttgctcttcat-tatattttcttttcttcatgctttaagttgtaata-tagtaatatcaatc-tgttccatcagGCTATTGAGGAAAATGGAGTAGAAGAGAGCCAAGAAGATGCTGTTGAGGTTGATGTTGAAGCTGATGGTTCGACTGATGGTGCTGTCCTTGTGAACGGAA

upper sequence: GRMZM2G124886_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 23
lower sequence: LOC_Os02g11830.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 23
tgattttcgttatttttgccacacgtgcttgcttatatgt-atgtat-cgcttctcattcagtgttcttgcagaactgataaaatcgatcatcgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTTGATGCAGAGGATGATGGAGTAGAAGAAAGTCAGGATGAAGCTGTTGAGG
||||  |  ||    |     ||| |  ||   |||   | || | | |  ||||| ||   |    ||| |  | |  ||| ||| ||| | || || |||| ||| || ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || | ||||||       ||  ||   |     |     |   
tgatcattatttcaataaaatcacattttttgctattcattatattttcttttctccttgctttaagttgtaata-tagtaatatcaatc-tggtccaccagGCTATCGAGGAAAATGGAGTAGAAGAGAGCCAAGAAGATGCTGTTGAGGTTGATGTTGAAGCTGATGGTTCGACTGACGGTACTGTCCTTGTGAACGGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5847331|gb|AW000410.1|AW000410
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|26456008|gb|CA827591.1|CA827591
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|67014399|gb|CO443148.1|CO443148
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|211291669|gb|FL235609.1|FL235609
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAAGACG-TGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTTGTTGAG
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAA-GATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCT-GTTGAG
EST: gi|101392738|gb|EB818300.1|EB818300
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19821970|gb|BQ047979.1|BQ047979
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|26455841|gb|CA827424.1|CA827424
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19822070|gb|BQ048094.1|BQ048094
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19822105|gb|BQ048129.1|BQ048129
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|211053668|gb|FL029981.1|FL029981
EST:     ATGCACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|120480718|gb|EH210975.1|EH210975
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19822158|gb|BQ048182.1|BQ048182
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|67031167|gb|CO459916.1|CO459916
EST:     GGAAGAGATGGTGCCCGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: GGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
EST: gi|19822050|gb|BQ048074.1|BQ048074
EST:     ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAG                         GTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT
genomic: ATGTACAGGAAGAGATGGTGCCAGATGATAATGAAGAGTATGTTCACGAGgtatgctgaa ... cgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgcttctcattcagtgttcttgcagaactgataaaatcgatcatcgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTTGATGCAGAGGATGATGGAGTAGAAGAAAGTCAGGATGAAGCTGTTGAGG
                          aactgat  putative branch site (score: 3)
                             tgataaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgattttcgttatttttgccacacgtgcttgcttatatgtatgtatcgcttctcattcagtgttcttgcagaactgataaaatcgatcatcgttcaacagGTTATTGAAGATGGTGGAGTAGAAGAGAGTCAAGAAGATGCTGTTGAGGTTGATGCAGAGGATGATGGAGTAGAAGAAAGTCAGGATGAAGCTGTTGAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - ccacacg
- - - - - - - - - - - - -tgcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - atgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcttgc