Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagcatcatagtcgttttcttttcactactatatttgcgcttttaaattgttgacaggtctaagatttgttaaccataacaatgtttgctgcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCGGGCACTACGTAGCTCATGTCCTCAAAGACGGGAGGTGGACAATCTTTAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107696_T02
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107696_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 22
lower sequence: LOC_Os01g08200.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
gagcatcatagtcgttttcttttcactactatatttgcgcttttaaattgttgacaggtctaagatttgttaacca--taacaatgtttgctgcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCGGGCACTACGTAGCTCATGTCCTCAAAGACGGGAGGTGGACAATCTTTAA
 | |||     ||  |   | |  |    |   | |     || |   |||      || |   | || ||       ||||| || |   ||||  | ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||| || ||
-accattgggttcaatacttctagatggttgattatctatcttcagtatgtgtgtgtgttttgcagttcttggtttattaacattgctctatgctc-tgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTGGGCACTACGTTGCCCATGTCCTCAAAGACGGGAGGTGGGTAATATTCAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5739760|gb|AI947336.1|AI947336
EST:     CCCTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCNCCTCTACCCCCTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|32849395|gb|CD989076.1|CD989076
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GGTACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|4688518|gb|AI637188.1|AI637188
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|14244301|gb|BG842323.2|BG842323
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|149014867|gb|EE044578.2|EE044578
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|60345352|gb|DN212325.1|DN212325
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|60339263|gb|DN206236.1|DN206236
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|101383461|gb|EB813786.1|EB813786
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|71595705|gb|DR906456.1|DR906456
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|60349614|gb|DN216587.1|DN216587
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|60350109|gb|DN217082.1|DN217082
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|50331230|gb|CO526356.1|CO526356
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCCCCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
EST: gi|71330489|gb|DR802011.1|DR802011
EST:     CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG
genomic: CACTAGCAATGTAAATGCTGATGACACATATATTCCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttca ... gcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattgttgacaggtctaagatttgttaaccataacaatgtttgctgcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCGGGCACTACGTAGCTCATGTCCTCAAAGACGGGAGGTGGACAATCTTTAA
                   atttgttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gagcatcatagtcgttttcttttcactactatatttgcgcttttaaattgttgacaggtctaagatttgttaaccataacaatgtttgctgcttgtacagGATACAAGCTGATGGCGTTCGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCACTGCGGGCACTACGTAGCTCATGTCCTCAAAGACGGGAGGTGGACAATCTTTAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA