Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattcatggtggctttgtttttctttcattgcacagatagaagttaagtatgacttatttgctctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030422_T01
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G030422_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 23
lower sequence: LOC_Os03g14980.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
------gtattcatggtggctttgtttttctttcattgcacagata--gaagttaagtatgacttattt--------gctctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG
      | |    |  |||| ||| | | | ||  |   | | | |  | |   |  |   |   ||||          |||||| ||||||||||||||| ||  |||| |||||||||| ||| || || ||||| |||||||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||| |||
gtattagcacatctaatggcattgctctgcgttattcttataaaaaatggaacaagattcaatcaattttttttttgattctttgcacagGTCAAAAGCAAACTTCGAGGGCACTCTAAGAAAATTACTGGACTTGCTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211016182|gb|FL013386.1|FL013386
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGNCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211016174|gb|FL013378.1|FL013378
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211016178|gb|FL013382.1|FL013382
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211018955|gb|FL013387.1|FL013387
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211016172|gb|FL013376.1|FL013376
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|37422204|gb|CF648808.1|CF648808
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211016173|gb|FL013377.1|FL013377
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGNCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211016170|gb|FL013374.1|FL013374
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211018956|gb|FL013388.1|FL013388
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211016176|gb|FL013380.1|FL013380
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|31360482|gb|CD444839.1|CD444839
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211016181|gb|FL013385.1|FL013385
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211016177|gb|FL013381.1|FL013381
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|211016179|gb|FL013383.1|FL013383
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|22473365|gb|BU037845.1|BU037845
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
EST: gi|76010934|gb|DT938104.1|DT938104
EST:     TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAG                         GTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT
genomic: TTGGAATGGATGACTCAACCATCCAAATCTATAATGTCCGAATTGATGAGgtattcatgg ... ctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttctttcattgcacagatagaagttaagtatgacttatttgctctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG
                                   cttatttgctcttt  CT-rich tract
                         ttaagtat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtattcatggtggctttgtttttctttcattgcacagatagaagttaagtatgacttatttgctctttgtacagGTCAAAAGCAAGCTCAGAGGTCACTCTAAGAGAATCACAGGTCTTGCCTTTTCAAATGTGCTAAATGTTTTAGTCTCGTCAGGAGCTGATGCCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT