1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' |
...aaatccaagttagtggtaactaaaggttatagccaactgctattgaattttgtccaacttgttaagagttactgacttcctaatcgaaactttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAGATGGCTAGTGCTACAAGGGGGAGCAGTGGATCTGTAACCCTATTTATT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G844195_T02 |
intron # | 21 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGAT-GTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|9952706|gb|BE639169.1|BE639169
genomic: ATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|24768924|gb|CA404053.1|CA404053
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTG-TTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|31356855|gb|CD441212.1|CD441212
genomic: TGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|67012219|gb|CO440968.1|CO440968
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|211321315|gb|FL043264.1|FL043264
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|18964320|gb|BM660937.1|BM660937
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|31355991|gb|CD440348.1|CD440348
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: CACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAAATCGCAA-TGCTGCTCAAEST: gi|24769517|gb|CA404646.1|CA404646
genomic: CACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGG-TGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAA-TCGCAAATGCTGCTCAA
EST: CAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|211321314|gb|FL043263.1|FL043263
genomic: CAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|31353910|gb|CD438267.1|CD438267
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTEST: gi|67014984|gb|CO443733.1|CO443733
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTT
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|32865123|gb|CF004805.1|CF004805
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: ATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGAT-GTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|148965444|gb|EE016250.2|EE016250
genomic: ATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: GGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACEST: gi|211321316|gb|FL043265.1|FL043265
genomic: GGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAA-Ggtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAAC
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|211462641|gb|FL447919.1|FL447919
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TGATGACCCAAGAGGGTATAATGGA-GGGGAAAAG GGTTCT-CTTTGTTTGAAGCGT-CCTTGAGAATCGCAAATTCTGCTCAACEST: gi|211321311|gb|FL043260.1|FL043260
genomic: TGATGA-CCAAGATGGTATAATGGATGGTG-AAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAAC
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|211321310|gb|FL043259.1|FL043259
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAEST: gi|32865124|gb|CF004806.1|CF004806
genomic: TCACATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
EST: ATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGAT-GTATAATGGATGGTGAAAG GGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
genomic: ATCTTTTTTGGACTGATGACCAAGATGGTATAATGGATGGTGAAAGgtaagatgat ... tttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACA
aattttgtccaacttgttaagagttactgacttcctaatcgaaactttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAGATGGCTAGTGCTACAAGGGGGAGCAGTGGATCTGTAACCCTATTTATT
ctttgtttc CT-rich tract
ttgttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatccaagttagtggtaactaaaggttatagccaactgctattgaattttgtccaacttgttaagagttactgacttcctaatcgaaactttgtttcagGGTTCTCCTTTGTTTGAAGCGTGCCTTGAGAATCGCAAATGCTGCTCAACAGATGGCTAGTGCTACAAGGGGGAGCAGTGGATCTGTAACCCTATTTATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA