Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttaacagctgaaaaaaattatttaaaccgtctgtgtctggctttcacttatggtgcctttattcttgagcgcttctgcagAAATGTATCATACAACCATCTTTATGGTACTGTACCTACAGACAACAACTTCTCACGATTTTCACCCGACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G463904_T01
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211487543|gb|FL153442.1|FL153442
EST:     ATTACTGGAGATGTCTCTTCACTTATTTACTGCTTGAGTCTCAATATCTT                         AAATGTATCATACAACCATCTTTATGGTACTGTACCTACAGACAACAACTT
genomic: ATTACTGGAGATGTCTCTTCACTTATTTACTGCTTGAGTCTCAATATCTTgtaagttaac ... gcttctgcagAAATGTATCATACAACCATCTTTATGGTACTGTACCTACAGACAACAACTT
EST: gi|101392872|gb|EB818367.1|EB818367
EST:     ATTACTGGAGATGTCTCTTCACTTATTTACTGCTTGAGTCTCAATATCTT                         AAATGTATCATACAACCATCTTTATGGTACTGTACCTACAGACAACAACTT
genomic: ATTACTGGAGATGTCTCTTCACTTATTTACTGCTTGAGTCTCAATATCTTgtaagttaac ... gcttctgcagAAATGTATCATACAACCATCTTTATGGTACTGTACCTACAGACAACAACTT
EST: gi|211487542|gb|FL153441.1|FL153441
EST:     ATTACTGGAGATGTCTCTTCACTTATTTACTGCTTGAGTCTCAATATCTT                         AAATGTATCATACAACCATCTTTATGGTACTGTACCTACAGACAACAACTT
genomic: ATTACTGGAGATGTCTCTTCACTTATTTACTGCTTGAGTCTCAATATCTTgtaagttaac ... gcttctgcagAAATGTATCATACAACCATCTTTATGGTACTGTACCTACAGACAACAACTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accgtctgtgtctggctttcacttatggtgcctttattcttgagcgcttctgcagAAATGTATCATACAACCATCTTTATGGTACTGTACCTACAGACAACAACTTCTCACGATTTTCACCCGACAG
                                            cgcttct  CT-rich tract
                                tttattctt  TA-rich tract