1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' |
gttcgtatttatcaatcctttcacctagcctttcctttgttatcatgtatcatatatatgtggctattaaatttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAATAGCTGGCATGCTTCGCAATCTTTCAAGTTATTACTACAAAGAAGCTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G155384_T02 |
intron # | 20 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAGEST: gi|32925375|gb|CF030187.1|CF030187
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|32926108|gb|CF030920.1|CF030920
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAGEST: gi|32928954|gb|CF033766.1|CF033766
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGGCGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|32925553|gb|CF030365.1|CF030365
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAGEST: gi|18384394|gb|BM417593.1|BM417593
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|32928817|gb|CF033629.1|CF033629
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCGGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAGEST: gi|32867559|gb|CF007241.1|CF007241
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: ATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAGEST: gi|32929670|gb|CF034482.1|CF034482
genomic: ATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|6021421|gb|AW066349.1|AW066349
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTGAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|32925086|gb|CF029898.1|CF029898
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACCAAACAATGCCAGEST: gi|32925292|gb|CF030104.1|CF030104
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCA-CAAACAATGCCAG
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|32849654|gb|CD989335.1|CD989335
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|32908274|gb|CF013087.1|CF013087
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|211100368|gb|FL070846.1|FL070846
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|32841969|gb|CD981650.1|CD981650
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|32926755|gb|CF031567.1|CF031567
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|211100372|gb|FL070850.1|FL070850
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTGAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACTAACAATGCCAGAEST: gi|32841970|gb|CD981651.1|CD981651
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGGCACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCCATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAEST: gi|32926620|gb|CF031432.1|CF031432
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
EST: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATG GCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
genomic: TGGACACACTAAGCAGATTGAGTCATGATGCAGACGCCGATGTGTCGATGgttcgtattt ... atttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGA
tagcctttcctttgttatcatgtatcatatatatgtggctattaaatttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAATAGCTGGCATGCTTCGCAATCTTTCAAGTTATTACTACAAAGAAGCTG
tttctcc CT-rich tract
atgtatcatatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcgtatttatcaatcctttcacctagcctttcctttgttatcatgtatcatatatatgtggctattaaatttctccagGCTGCAATTATCTCATTGGGTTTGATTGGTGCTGGCACAAACAATGCCAGAATAGCTGGCATGCTTCGCAATCTTTCAAGTTATTACTACAAAGAAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG