Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctggtaaactgaatctggaagaatgattttagttgggatgcgtccagtcaccacatatgcccttttgacatttatttcctttgtgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAATAGGAAAGAAGCATTTCAAGCTAACACATTTTGAGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060611_T01
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G060611_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 20
lower sequence: LOC_Os05g44360.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 20
gtctggtaaactgaatctggaagaatgattttagttgggatgcgtccagtcaccacatatgcccttttgacatttatttcctttgtgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAATAGGAAAGAAGCATTTCAAGCTAACACATTTTGAGGAG
|| ||  |||| ||||     |||     ||||||||  ||     || |       | |   | |||| |   | ||| | |||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
gtttgacaaacagaattcaatagataacgtttagttgtcat-----caatatttttttttttacatttggc---tgttttccttgtttcctccagGTTCGTTGAGACCGATGGCAAAGGTTTTGATAGAGTAAGAGGATATGAAATAGGAAAGAAGCATTTCAAACTAACACATTTTGAGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78092011|gb|DV520385.1|DV520385
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|211090145|gb|FL283407.1|FL283407
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|60344703|gb|DN211676.1|DN211676
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|60346783|gb|DN213756.1|DN213756
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|84351501|gb|DW245906.1|DW245906
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|4804481|gb|AI665351.2|AI665351
EST:     GTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|5686787|gb|AI939880.1|AI939880
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTCCAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|78092012|gb|DV520386.1|DV520386
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|76911616|gb|DV164349.1|DV164349
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|4827671|gb|AI668363.1|AI668363
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
EST: gi|78025639|gb|DV494026.1|DV494026
EST:     GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAG                         GTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT
genomic: GCCACTCCAACTATGCTGAATTGCCTCATGTACAAGCTTTGTTACTACAGgtctggtaaa ... tgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcgtccagtcaccacatatgcccttttgacatttatttcctttgtgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAATAGGAAAGAAGCATTTCAAGCTAACACATTTTGAGGAG
                        ttttgac  putative branch site (score: 3)
                                tttatttcctttgtgt  CT-rich tract
                        ttttgacatttattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtctggtaaactgaatctggaagaatgattttagttgggatgcgtccagtcaccacatatgcccttttgacatttatttcctttgtgtcctctagGTTTGTGGAGACTGATGGAAAAGGCTTTGACAGAGTAAGAGGATATGAAATAGGAAAGAAGCATTTCAAGCTAACACATTTTGAGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG