1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtgtgatattctttgtgtgagcttcgtgtttagcttaattaatttcttcatgttaattatgtcgtctccttgatttccctccagAAACTGTTGAAGACAGAGCATTACCTTTGGCAACTCTATACCATCGAAAAAGACATAGAGAAAATTGAAGCTGAGCTTGTGGAGGATAGAGAATCTCTTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G899800_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGTGCAAAAAGAGGAGGCAGAGAAGCATCTACGCCTTCACCAGGACCTG AAACTGTTGAAGACAGAGCATTACCTTTGGCAACTCTATACCATCGAAAAAEST: gi|60344129|gb|DN211102.1|DN211102
genomic: AGGTGCAAAAAGAGGAGGCAGAGAAGCATCTACGCCTTCAACAGGACCTGgtgtgatatt ... ttccctccagAAACTGTTGAAGACAGAGCATTACCTTTGGCAACTCTATACCATCGAAAAA
EST: AGGTGCAAAAAGAGGAGGCAGAGAAGCATCTACGCCTTCAACAGGACCTG AAACTGTTGAAGACAGAGCATTACCTTTGGCAACTCTATACCATCGAAAAAEST: gi|60336873|gb|DN203846.1|DN203846
genomic: AGGTGCAAAAAGAGGAGGCAGAGAAGCATCTACGCCTTCAACAGGACCTGgtgtgatatt ... ttccctccagAAACTGTTGAAGACAGAGCATTACCTTTGGCAACTCTATACCATCGAAAAA
EST: AGGTGCAAAAAGAGGAGGCAGAGAAGCATCTACGCCTTCAACAGGACCTG AAACTGTTGAAGACAGAGCATTACCTTTGGCAACTCTATACCATCGAAAAA
genomic: AGGTGCAAAAAGAGGAGGCAGAGAAGCATCTACGCCTTCAACAGGACCTGgtgtgatatt ... ttccctccagAAACTGTTGAAGACAGAGCATTACCTTTGGCAACTCTATACCATCGAAAAA
ttagcttaattaatttcttcatgttaattatgtcgtctccttgatttccctccagAAACTGTTGAAGACAGAGCATTACCTTTGGCAACTCTATACCATCGAAAAAGACATAGAGAAAATTGAAGCTGAGCTTGTGGAGGATAGAGAATCTCTTC
tcgtctccttgatttc CT-rich tract
ttaattaatttcttca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtgatattctttgtgtgagcttcgtgtttagcttaattaatttcttcatgttaattatgtcgtctccttgatttccctccagAAACTGTTGAAGACAGAGCATTACCTTTGGCAACTCTATACCATCGAAAAAGACATAGAGAAAATTGAAGCTGAGCTTGTGGAGGATAGAGAATCTCTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT