1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tctcataatgaactcatgagtgtgatgtattgatgtgcctgtttgcgtgttttttcttttcttcaagtatttcatatgtttatttgtttctctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGACCTGCACTTTTTTGTTACTGGAGGAGAAGAGGAGAATGAGCTTATTTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G883149_T04 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211477575|gb|FL100775.1|FL100775
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTTATTCAAGEST: gi|211477574|gb|FL100774.1|FL100774
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTTATTCAAGEST: gi|211477578|gb|FL100778.1|FL100778
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTTATTCAAGEST: gi|32849578|gb|CD989259.1|CD989259
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAT- --GAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211529711|gb|FL481418.1|FL481418
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: AGAAGTCGGTCTTTCGCCAAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|50324980|gb|CO520106.1|CO520106
genomic: AGAAGTCGGTC-TTCGCC-AAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|32849463|gb|CD989144.1|CD989144
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAT- --GAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|60344091|gb|DN211064.1|DN211064
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|32849613|gb|CD989294.1|CD989294
genomic: CTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGAT- --GAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|40303119|gb|CK347506.1|CK347506
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211335317|gb|FL100773.1|FL100773
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTTATTCAAG
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
cgtgttttttcttttcttcaagtatttcatatgtttatttgtttctctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGACCTGCACTTTTTTGTTACTGGAGGAGAAGAGGAGAATGAGCTTATTTT
tttatttgtttctctt CT-rich tract
tatttcatatgtttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctcataatgaactcatgagtgtgatgtattgatgtgcctgtttgcgtgttttttcttttcttcaagtatttcatatgtttatttgtttctctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGACCTGCACTTTTTTGTTACTGGAGGAGAAGAGGAGAATGAGCTTATTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT