1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tctcataatgaactcatgagtgtgatgtattgatgtgcctgtttgcgtgttttttcttttcttcaagtatttcatatgtttatttgtttctctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGACCTGCACTTTTTTGTTACTGGAGGAGAAGAGGAGAATGAGCTTATTTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G883149_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211025062|gb|FL063410.1|FL063410
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211025063|gb|FL063411.1|FL063411
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGEST: gi|211477575|gb|FL100775.1|FL100775
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
EST: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATG CAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTTATTCAAG
genomic: CGAGAAGTCGGTCTTCGCCAAAACCCAGAAAGCGAATGCTGGAACGGATGgtaatttaca ... tctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAG
cgtgttttttcttttcttcaagtatttcatatgtttatttgtttctctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGACCTGCACTTTTTTGTTACTGGAGGAGAAGAGGAGAATGAGCTTATTTT
tttatttgtttctctt CT-rich tract
tatttcatatgtttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctcataatgaactcatgagtgtgatgtattgatgtgcctgtttgcgtgttttttcttttcttcaagtatttcatatgtttatttgtttctctttaacagCAGAGATTGTAATGTTTGATGGTCAAATTGTGGTATACAAGTTCATCCAAGACCTGCACTTTTTTGTTACTGGAGGAGAAGAGGAGAATGAGCTTATTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - tgtgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - gtgcctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcatat