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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agcgcggtttacaaattagtactatagatatactgtgaggtgcacactagatggttctgctttgttctacagtcagtaactttttcttccttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTGCCTTGTCTCCCTTGCCTGCTACGAAACTTGGCTCTATAGTAATTCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os09g07830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
agcgcggtttacaaattagtac-tatagatatactgtgaggtgcacactag--atggttctgctttgttctacagt--cagtaacttttt-cttccttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTGCCTTGTCTCCCTTGCCTGCTACGAAACTTGGCTCTATAGTAATTCAAG
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-----tctctgcaa-tcagcatgtctcggtcatttaaaaaatatactccggtaaaagcactgtgatgcactgcaataataatattttttttcttccatggtgacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCTATGGGTGGTTTCCTAGGTGCCCTGTCTTCCTTGTCAGCTACCAAACTTGGTTCCATAGCAATTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101395310|gb|EB819585.1|EB819585
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|78087735|gb|DV516128.1|DV516128
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|148991412|gb|EE032913.2|EE032913
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGT
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTG-CACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGT
EST: gi|33771209|gb|CF273388.1|CF273388
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCANAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|148999650|gb|EE036638.2|EE036638
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|149101180|gb|EE187290.2|EE187290
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|149017000|gb|EE045657.2|EE045657
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211492112|gb|FL334536.1|FL334536
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211211228|gb|FL354194.1|FL354194
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211145464|gb|FL359543.1|FL359543
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|76284260|gb|DV023828.1|DV023828
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|32864391|gb|CF004073.1|CF004073
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211372672|gb|FL327042.1|FL327042
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|149081077|gb|EE170177.2|EE170177
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|148983224|gb|EE029187.2|EE029187
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|148965993|gb|EE016923.2|EE016923
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|93281705|gb|EB673969.1|EB673969
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|149009773|gb|EE041672.2|EE041672
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211107249|gb|FL258173.1|FL258173
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|76017959|gb|DT945129.1|DT945129
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|71327673|gb|DR800451.1|DR800451
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|31353258|gb|CD437615.1|CD437615
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|78091716|gb|DV520090.1|DV520090
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211107251|gb|FL258175.1|FL258175
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|67042602|gb|CO468857.1|CO468857
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211107248|gb|FL258172.1|FL258172
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTNTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGT
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGT-TGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211033052|gb|FL319725.1|FL319725
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211195416|gb|FL326468.1|FL326468
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|76921562|gb|DV168618.1|DV168618
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|50324587|gb|CO519713.1|CO519713
EST:     TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTGGCACTTCGGACCGGCGGCCATGGCTTCCGACGGCATCGGCCCCAGAGgtataactgt ... ttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actagatggttctgctttgttctacagtcagtaactttttcttccttgctcacagATGTATGTGTTGTTGGGGTTGCACGCACCCCAATGGGCGGTTTCCTTGGTGCCTTGTCTCCCTTGCCTGCTACGAAACTTGGCTCTATAGTAATTCAAG
                            cagtaac  putative branch site (score: 2)
                                  ctttttcttccttgct  CT-rich tract
                               taacttttt  TA-rich tract