Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...agttacttggagtttcagcccgctggagattcaaccctcgttcgtatttattggggccttcggccaccgatgttgctaacaatgtatggatgaattgaagGAAGTAAAGAAGACAGACAGCCGTACACAAACTCTGCATCTTGAAACTACCATGGTTGGCAAAGAAGCTGGATGCATCCTTTACATTGGTGTCTTCTTAT
Basic information
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|211519536|gb|FL441912.1|FL441912EST: TTGTCTGCTATGGCATACAACTATGTCTCTATTTCATCCTATAATGAGTT GAAGTAAAGAAGACAGACAGCCGTACACAAACTCTGCATCTTGAAACTACC
genomic: TTGTCTGCTATGGCATACAACTATGTCTCTATTTCATCCTATAATGAGTTgtaagtcctt ... tgaattgaagGAAGTAAAGAAGACAGACAGCCGTACACAAACTCTGCATCTTGAAACTACC
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.atttattggggccttcggccaccgatgttgctaacaatgtatggatgaattgaagGAAGTAAAGAAGACAGACAGCCGTACACAAACTCTGCATCTTGAAACTACCATGGTTGGCAAAGAAGCTGGATGCATCCTTTACATTGGTGTCTTCTTAT
tgctaac putative branch site (score: 1)
taacaat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
agttacttggagtttcagcccgctggagattcaaccctcgttcgtatttattggggccttcggccaccgatgttgctaacaatgtatggatgaattgaagGAAGTAAAGAAGACAGACAGCCGTACACAAACTCTGCATCTTGAAACTACCATGGTTGGCAAAGAAGCTGGATGCATCCTTTACATTGGTGTCTTCTTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- ttacttg
- - - - - - - - - cccgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gccaccg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgtatg