Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|211236490|gb|FK950766.1|FK950766EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGA
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGA
EST:
gi|211237681|gb|FL238796.1|FL238796EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GAAGTTCTATGGACCT
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCT
EST:
gi|148986679|gb|EE030460.2|EE030460EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
EST:
gi|71442989|gb|DR824039.1|DR824039EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
EST:
gi|32845156|gb|CD984837.1|CD984837EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
EST:
gi|29576888|gb|CB617000.1|CB617000EST: CGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
genomic: CGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
EST:
gi|29544876|gb|CB605484.1|CB605484EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
EST:
gi|148941737|gb|EC886692.2|EC886692EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
EST:
gi|211086167|gb|FL437475.1|FL437475EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
EST:
gi|211237687|gb|FL238802.1|FL238802EST: C-GCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCT
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCT
EST:
gi|149103627|gb|EE289029.2|EE289029EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
EST:
gi|211235445|gb|FL238783.1|FL238783EST: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAG GATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
genomic: CCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGC
RNA-Seq data
ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site
atgs Truncated intron sequence
Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.
Found data for 4 RNA-Seq libraries.
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
89AGATAACGGAGGAGGAACTACGGCAGTACGACGGGTCCGACCCCGAGAAACCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGCCAGTAGGGCATTGGCTAAGATGTCCTTTGAATCACAGGATCTGAATGGT
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
264AGATAACGGAGGAGGAACTACGGCAGTACGACGGGTCCGACCCCGAGAAACCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGCCAGTAGGGCATTGGCTAAGATGTCCTTTGAATCACAGGATCTGAATGGT
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
101AGATAACGGAGGAGGAACTACGGCAGTACGACGGGTCCGACCCCGAGAAACCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGCCAGTAGGGCATTGGCTAAGATGTCCTTTGAATCACAGGATCTGAATGGT
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
403AGATAACGGAGGAGGAACTACGGCAGTACGACGGGTCCGACCCCGAGAAACCGCTGCTGATGGCCATCAAGGGGCAGATCTATGACGTCTCAGAGAGCAGgttgcttcct ... ccctgtgcagGATGTTCTATGGACCTGGCGCAGCTTATGCTCTGTTTGCTGGTAAAGATGCCAGTAGGGCATTGGCTAAGATGTCCTTTGAATCACAGGATCTGAATGGT