Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcatattcccactagtttcaataactcttttcacatatatacttagtgaatttagttccttcagaaagttattttttttcttgcattggttttatggcagTATGGAATCCAGGCGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G851405_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211157917|gb|FL378567.1|FL378567
EST:     ATGCTGGTGTTGAGGCAAATGAGTGTATGAAAGTGTTTCTAG                         TATGGAATCCAGG
genomic: ATGCTGGTGTTGAGGCAAATGAGTGTATGAAAGTGTTTCTAGgtatggaatt ... tttatggcagTATGGAATCCAGG
EST: gi|211437212|gb|FL420722.1|FL420722
EST:     ATGCTGGTGTTGAGGCAAATGAGTGTATGAAAGTGTTTCTAG                         TATGGAATCCAGG
genomic: ATGCTGGTGTTGAGGCAAATGAGTGTATGAAAGTGTTTCTAGgtatggaatt ... tttatggcagTATGGAATCCAGG
EST: gi|71766135|gb|DR964072.1|DR964072
EST:     ATGCTGGTGTTGAGGCAAATGAGTGTATGAAAGTGTTTCTAG                         TATGGAATCCAGGCGAG
genomic: ATGCTGGTGTTGAGGCAAATGAGTGTATGAAAGTGTTTCTAGgtatggaatt ... tttatggcagTATGGAATCCAGGCGAG
EST: gi|211202431|gb|FL416111.1|FL416111
EST:     ATGCTGGTGTTGAGGCAAATGAGTGTATGAAAGTGTTTCTAG                         TATGGAATCCAGG
genomic: ATGCTGGTGTTGAGGCAAATGAGTGTATGAAAGTGTTTCTAGgtatggaatt ... tttatggcagTATGGAATCCAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgaatttagttccttcagaaagttattttttttcttgcattggttttatggcagTATGGAATCCAGGCGAG
                   aaagttattttttttc  TA-rich tract