1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tacactggacacttccacttccctgaaagactcctcttaccagcatgtccaggccttaattatctgaaatatgttattttttttcgttgaaccaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCGAGAGGAGAGGTCGCGGTTGGTGGACACAGTATAACAAAAGGTTATTTCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G840955_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATACAAGTGTGGGTCGTGCTGGTCCACCACTTCCTTGCTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCGATGCCGEST: gi|22715395|gb|BU197739.1|BU197739
genomic: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
EST: TGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGCTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGG-GGTTACAAGATTTCTGATTCTCCGATGCCGEST: gi|211013565|gb|FL361178.1|FL361178
genomic: TGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
EST: ATACAAATGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGCTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCGATGCCGEST: gi|60358827|gb|DN225800.1|DN225800
genomic: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
EST: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCGEST: gi|211306727|gb|FL367401.1|FL367401
genomic: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
EST: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGCTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCGEST: gi|5761807|gb|AI966960.1|AI966960
genomic: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
EST: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCGEST: gi|87156299|gb|DY401088.1|DY401088
genomic: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
EST: ATACAAATGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGCTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCGATGCCGEST: gi|26559525|gb|CA831760.1|CA831760
genomic: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
EST: GGTCCACCACTTCCTTGCTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCGATGCCGEST: gi|211176149|gb|FL381702.1|FL381702
genomic: GGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
EST: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGCTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCGEST: gi|56382586|gb|CV985255.1|CV985255
genomic: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
EST: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAG CTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
genomic: ATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgttc ... accaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCG
tgtccaggccttaattatctgaaatatgttattttttttcgttgaaccaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCGAGAGGAGAGGTCGCGGTTGGTGGACACAGTATAACAAAAGGTTATTTCA
ccttaat putative branch site (score: 496)
ttaattatctgaaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tacactggacacttccacttccctgaaagactcctcttaccagcatgtccaggccttaattatctgaaatatgttattttttttcgttgaaccaatgtagCTTGTCTCATGGGAAGAAGGTGGTTACAAGATTTCTGATTCTCCAATGCCGAGAGGAGAGGTCGCGGTTGGTGGACACAGTATAACAAAAGGTTATTTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
tacactg
- - - - - -cttccac
- - - - - - - - - - ccctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaggcc