1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ccttatccagttttccttttttgaacattgcaacatgctggtgtttattttacccaatagtactggtttccctctatgtaacttgaattgttctgtgtagCTTACGTGACAAGTCCCAGGTGGAACAGTTGCTTCATTATATTTTGGAAGAAGTTCCAGAGGATGCTGAAAGGAAGCGCTCCTTCAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G806347_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGAAATTATTCAGGAGTGCAAAGCACTGAACTCAAGACTCATAAACTT CTTACGTGACAAGTCCCAGGTGGAACAGTTGCTTCATTATATTTTGGGAAGEST: gi|93016172|gb|EB641692.1|EB641692
genomic: GATGAAATTATTCAGGAGTGCAAAGCACTGAACTCAAGACTCATAAACTTgtaattttct ... ttctgtgtagCTTACGTGACAAGTCCCAGGTGGAACAGTTGCTTCATTATATTTTGG-AAG
EST: GATGAAATTATTCAGGAGTGCAAAGCACTGAACTCAAGACTCATAAACTT CTTACGTGACAAGTCCCAGGTGGAACAGTTGCTTCATTATATTTTGGAAGA
genomic: GATGAAATTATTCAGGAGTGCAAAGCACTGAACTCAAGACTCATAAACTTgtaattttct ... ttctgtgtagCTTACGTGACAAGTCCCAGGTGGAACAGTTGCTTCATTATATTTTGGAAGA
tattttacccaatagtactggtttccctctatgtaacttgaattgttctgtgtagCTTACGTGACAAGTCCCAGGTGGAACAGTTGCTTCATTATATTTTGGAAGAAGTTCCAGAGGATGCTGAAAGGAAGCGCTCCTTCAA
atgtaac putative branch site (score: 67)
ttgttct putative PPT
aatagta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccttatccagttttccttttttgaacattgcaacatgctggtgtttattttacccaatagtactggtttccctctatgtaacttgaattgttctgtgtagCTTACGTGACAAGTCCCAGGTGGAACAGTTGCTTCATTATATTTTGGAAGAAGTTCCAGAGGATGCTGAAAGGAAGCGCTCCTTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - -cattgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gctggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaattg