1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaaagaactaaataagagtctcttgttgtttacttataaactcttgatgaacagttgggtaaatgctacacctatttcttttttatatacaaattatcctgtaactacttagGGAGTGCAAGTGATGGGCGATATCCAGCTGCTTCACTGGGCTCAAACTCAGTTCCTTCAGCAACAAGGAAGAGCATATTATCTGTAAGCAGATCATCTTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G805480_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACTTCCGCATGTACAGATCTGCTAATCTTTTTCCTATACCTTGTAAGAG GGAGTGCAAGTGATGGGCGATATCCAGCTGCTTCACTGGGCTCAAACTCAG
genomic: TACTTCCGCATGTACAGATCTGCTAATCTTTTTCCTATACCTTGTAAGAGgtaaagaact ... aactacttagGGAGTGCAAGTGATGGGCGATATCCAGCTGCTTCACTGGGCTCAAACTCAG
ggtaaatgctacacctatttcttttttatatacaaattatcctgtaactacttagGGAGTGCAAGTGATGGGCGATATCCAGCTGCTTCACTGGGCTCAAACTCAGTTCCTTCAGCAACAAGGAAGAGCATATTATCTGTAAGCAGATCATCTTC
ctgtaac putative branch site (score: 3)
acctatttctttttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaagaactaaataagagtctcttgttgtttacttataaactcttgatgaacagttgggtaaatgctacacctatttcttttttatatacaaattatcctgtaactacttagGGAGTGCAAGTGATGGGCGATATCCAGCTGCTTCACTGGGCTCAAACTCAGTTCCTTCAGCAACAAGGAAGAGCATATTATCTGTAAGCAGATCATCTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA