1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ccttatccggatttcctttattgagtctttcaacacgatgatgtttagtttacccaatagtactgatttctctgtatgtaacttgaattgttttgtgtagCTTACGTGACAAGGCTCAGGTGGAACAGTTGCTTCGTTATGTTGTGGAAGAAGTTCCAGATGATGCTGAAAGGAAGCGATCTTTCAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G470292_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGAAATTATTCAGGAGTGCAAAGCACTTAACTCACGACTCATAAACTT CTTACGTGACAAGGCTCAGGTGGAACAGTTGCTTCGTTATGTTGTGGAAGAEST: gi|71304930|gb|DR788597.1|DR788597
genomic: GATGAAATTATTCAGGAGTGCAAAGCACTTAACTCACGACTCATAAACTTgtaatttctt ... ttttgtgtagCTTACGTGACAAGGCTCAGGTGGAACAGTTGCTTCGTTATGTTGTGGAAGA
EST: GATGAAATTATTCAGGAGTGCAAAGCACTTAACTCACGACTCATAAACTT CTTACGTGACAAGGCTCAGGTGGAACAGTTGCTTCGTTATGTTGTGGAAGA
genomic: GATGAAATTATTCAGGAGTGCAAAGCACTTAACTCACGACTCATAAACTTgtaatttctt ... ttttgtgtagCTTACGTGACAAGGCTCAGGTGGAACAGTTGCTTCGTTATGTTGTGGAAGA
tagtttacccaatagtactgatttctctgtatgtaacttgaattgttttgtgtagCTTACGTGACAAGGCTCAGGTGGAACAGTTGCTTCGTTATGTTGTGGAAGAAGTTCCAGATGATGCTGAAAGGAAGCGATCTTTCAA
ttgtttt CT-rich tract
aattgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccttatccggatttcctttattgagtctttcaacacgatgatgtttagtttacccaatagtactgatttctctgtatgtaacttgaattgttttgtgtagCTTACGTGACAAGGCTCAGGTGGAACAGTTGCTTCGTTATGTTGTGGAAGAAGTTCCAGATGATGCTGAAAGGAAGCGATCTTTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - -aacacga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaattg