1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...taacctgcaccctttgaatttgctgtctgtttttatctctggtgtgtgaaacaattgcagacctgtatctgacaagtattggtgtcattttcatcttcagGACAAGAAGGGGATGCCAGCGGCAAGTCAAAGCAAAGCAGGAGTGAGAAGAAGAGCCGCAAAGCCATGCTGAAGCTTGGCATGAAGCCCATCACTGGTGT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G465333_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGAGGATGATGATGAACTTGACG GACAAGAAGGGGATGCCAGCGGCAAGTCAAAGCAAAGCAGGAGTGAGAAGA
genomic: GATGAGGATGATGATGAACTTGACGgtgagttact ... tcatcttcagGACAAGAAGGGGATGCCAGCGGCAAGTCAAAGCAAAGCAGGAGTGAGAAGA
gtgaaacaattgcagacctgtatctgacaagtattggtgtcattttcatcttcagGACAAGAAGGGGATGCCAGCGGCAAGTCAAAGCAAAGCAGGAGTGAGAAGAAGAGCCGCAAAGCCATGCTGAAGCTTGGCATGAAGCCCATCACTGGTGT
atctgac putative branch site (score: 1099)
tcattttcatcttc putative PPT
attttcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taacctgcaccctttgaatttgctgtctgtttttatctctggtgtgtgaaacaattgcagacctgtatctgacaagtattggtgtcattttcatcttcagGACAAGAAGGGGATGCCAGCGGCAAGTCAAAGCAAAGCAGGAGTGAGAAGAAGAGCCGCAAAGCCATGCTGAAGCTTGGCATGAAGCCCATCACTGGTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - ctgcacc
- - - - - - - - - - tgctgtc
- - - - - - - - - - - - - -tgttttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aattgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtatc